鉴于琼州海峡隧道的长度，采取铁路隧道将是必然方案。原因在于海底隧道一旦超过20公里，内部的通风、抽水、防火、防交通事故都是大问题，特别是通风困难。
若大量汽车自行进入隧道，汽车内燃机吸收燃烧氧气，排出大量废气，将造成隧道内部供氧不足，会造成车辆缺氧熄火、甚至人员呼吸困难。而且天天大量汽车通过，一旦其中少量汽车出现故障抛锚，或者交通事故，那么整条隧道就会被瞬间堵塞。
更可怕是隧道内部出现火灾，若有大量汽车和人员聚集在几十公里长的隧道内，一旦有火灾，后果不堪设想。
琼州海峡的铁路通道
粤海铁路通道，1998年开工建没，总投资45亿元。2003年1月7日粤海铁路通道轮渡开通。通道由湛海线、琼州海峡铁路轮渡、海南西环线“两线一渡”组成，全长345公里，是中国第一条横跨海峡的铁路。
湛海线由广东湛江至海安，全长139公里，设计年货运量1100万吨，通过客车8对，于2002年1月正式通车；琼州海峡铁路轮渡包括跨海火车渡船、粤海铁路北港与南港、海口站、海口南站及部分站线工程。其中火车轮渡的海上航距为22.5公里（跨琼州海峡），可同时载运货车40节（或客车18节）、汽车50辆、旅客1360人，水上航行时间50分钟。
海南西环线铁路全长182.5公里，北连粤海铁路南港，西至昌江叉河车站，与既有叉河至三亚线路接轨。设计年货运量1000万吨，客车9对。
三方面的原因：
1、首先从地理角度去看下，琼州海峡中间线是一条海沟，其最深处达到120米，如果在此修建跨海大桥，关是桥墩都需要100多米高，而且对于海底环境也是要求极为严格。
琼州海峡海底情况复杂多变，海峡附近，也是刚好处于在东南沿海地震带上。除此之外，琼州海峡每年经常会遭到台风的光顾，其风力最弱都达到八级以上，甚至有时候达到15级以上。
2、其次，崇州海峡是广西与越南通往外界的重要航道，每天都有许多大型的货轮来来往往，而修建跨海大桥，必然会影响到北部湾地区的航运。
可能会说既然修跨海大桥有难度，那我们就挖隧道，这样子就不用担心什么台风以及影响航运功能了。殊不知，如果是挖隧道，崇州海峡平均深度在44米，最大深度达到120米，海峡主要以盆地为主，从而形成了南北地形较高，中间则呈现出u形地貌，而中间平均水深在80到100米之间，其施工难度是非常巨大的。
要知道港珠澳大桥海底隧道最大深度为48米，这已经是隧道深管极限了，其建设难度也是非常巨大了，如此超高难度工程也创下了八个世界之最。
3、而琼州海峡，不管是隧道或者是架设桥墩，面对这120米的海底深度是极难逾越的，要知道世界上的英吉利海峡最大深度也仅仅是75米，而我国最深的海底隧道，青岛地铁一号，其海底部分最深处也仅是达到了88米。由此可见，琼州海峡跨海工程需要克服的困难超乎想象，也才使得直到如今还没有建成一座跨海大桥或者是海底隧道。
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琼州海峡跨海通道（Qiongzhou Strait Crossing），连接雷州半岛和海南岛，西连北部湾、东接南海北部，是一条公路和铁路两用的跨海通道。琼州海峡东西长约80公里，南北平均宽度29.5公里，最宽处直线距离33.5公里，最窄处直线距离约18公里，通道总投资额超过1500亿元。琼州海峡跨海工程由海南省跨海办负责。
从1994年开始，广东、海南两省就联合开展了琼州海峡跨海工程前期研究工作。2009年10月16日正式开展琼工程可行性研究和15项专题研究工作，计划2010年底完成可行性研究，争取2012年动工建设。
价值意义：
国务院关于推进海南国际旅游岛建设发展的若干意见》发布，标志着海南国际旅游岛建设正式上升为国家战略。海南属热带岛屿，旅游资源丰富，经过多年发展，以热带滨海风光为代表的旅游产业已初具规模。
党中央、国务院全面落实科学发展观，立足海南省情，做出了建设海南国际旅游岛的重大决策。将旅游业作为海南的主导产业，实施海南“生态、休闲、养生旅游”的深度开发，形成独特的岛屿旅游经济社会发展形态。
旅游产业的发展将带来强大的客源聚集，产生强大的运输需求。建设海南西环铁路、琼州海峡跨海通道是建设海南国际旅游岛的重要工程，它与在建的海南东环铁路形成环岛快速铁路，并与大陆铁路网相连通，满足岛内及进出岛旅客不同层次的运输需求，对充分发挥旅游资源优势，促进海岛旅游产业的发展具有十分重要的意义。
以上内容参考：百度百科-琼州海峡跨海通道
本回答被网友采纳这样我们又觉得比较贵。所以说这是一个两难的问题。