肯定有影响。按规定汽车更换发动机车主必须向车管所申请变更登记，才能更换。否则算非法改装，不予年审和过户。
根据《机动车登记规定》
第十条 已注册登记的机动车有下列情形之一的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请变更登记：
（一）改变车身颜色的；
（二）更换发动机的；
（三）更换车身或者车架的；
（四）因质量问题更换整车的；
（五）营运机动车改为非营运机动车或者非营运机动车改为营运机动车等使用性质改变的；
（六）机动车所有人的住所迁出或者迁入车辆管理所管辖区域的。
可以向登记地车辆管理所申请变更登记。
第十一条 申请变更登记的，机动车所有人应当填写申请表，交验机动车，并提交以下证明、凭证：
（一）机动车所有人的身份证明；
（二）机动车登记证书；
（三）机动车行驶证；
（四）属于更换发动机、车身或者车架的，还应当提交机动车安全技术检验合格证明；
（五）属于因质量问题更换整车的，还应当提交机动车安全技术检验合格证明，但经海关进口的机动车和国务院机动车产品主管部门认定免予安全技术检验的机动车除外。
车辆管理所应当自受理之日起一日内，确认机动车，审查提交的证明、凭证，在机动车登记证书上签注变更事项，收回行驶证，重新核发行驶证。
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