余氯，作为一种有效的杀菌消毒手段，仍被世界上超过80%的水厂使用着。所以，市政自来水中必须保持一定量的余氯，以确保饮用水的微生物指标安全。但是，当氯和有机酸反应，就会产生许多致癌的副产品，比如三氯甲烷等。超过一定量的氯，本身也会对人体产生许多危害，且带有难闻的气味，自来水余氯浓度过高的话，主要危害有：刺激性很强，对呼吸系统有伤害。易与水中有机物反应，生成三氯甲烷等致癌物。对皮肤细胞及细胞间质造成伤害，易引起皮肤干燥、皲裂、丘疹、粉刺、老化，或有手掌角化、指甲变薄等改变作为生产原料的话，有可能起不良作用，如用其生产黄酒产品时，对发酵环节的酵母菌有杀菌作用，影响酒质。因为自来水净化一般是使用氯气，而残留的余氯在加热的过程中会生成三氯甲烷这种致癌物，长期饮用会对人体造成非常大的危害。
尤其是水源污染越发的严重，直接导致自来水中余氯含量的增加。所以直接饮用自来水烧开后的水也不是健康的选择，对自来水进行再净化是关键。经过净水设备净化后的自来水称为直饮水，在保留对人体有益的矿物质的基础上吸附自来水中的余氯和其他有害物质，是真正健康的水。中毒临床表现：急性中毒。轻度中毒时，病人出现眩晕、头痛、恶心、胸闷、嗜睡、步态蹒跚等；严重中毒者，神志不清，或呈昏睡状，甚至昏迷、抽搐，更严重者会造成死亡。慢性中毒主要表现为神经衰弱综合征、肝脏损伤、消化功能障碍、肢端溶骨症、皮肤损伤等。
它能刺激眼、鼻、喉以及上呼吸道等。引起急性肺水肿及肺炎，浓度高时可麻痹呼吸中枢、出现“闪击性死亡”。长期吸入低浓度的氯会引起慢性中毒，导致体内产生大量的自由基，加速人体衰老速度。主要病症为鼻炎、慢性支气管炎等疾病。目前自来水厂净化的方式就氯杀菌的。余氯可以通过毛孔进入被人体皮肤所吸收，因为人体皮肤表层遍布毛孔和汗腺，所以在给儿童洗澡时，氯会使头发产生干涩断裂分岔，也会使肌肤漂白化、皮肤层脱落及产生奇痒无比的皮癣过敏症;当氯和有机物，比如汗液相互作用的时候，容易造成周围空气中形成三氯化氮，这非常容易损害眼睛和嗓子;氯通过呼吸道吸入肺部后，会损害呼吸细胞(Clara细胞)，进而导致哮喘和肺气肿。孕妇长期饮用含有氯的自来水，会对胎儿心、肺的生长造成影响。
自来水多以氯气消毒，当氯气溶于水中会变成次氯酸或次氯酸根离子，即俗称有效余氯，因次氯酸具有极高的氧化能力，如自来水含有效余氯，它在配水管中停留时可预防细菌(病原菌)的滋生，因此有效余氯在自来水的安全卫生上扮演极重要的角色。用含氯的消毒药剂对自来水进行消毒杀菌，价廉、效果好、操作方便，深受欢迎，全世界通用。但是氯对细菌细胞杀灭效果好，同样，对其他生物体细胞、人体细胞也有严重影响。1974年荷兰Rook和美国Belier首次发现预氯化和氯消毒过的水中存在三卤甲烷(THMS)、氯仿等消毒副产物(DBPS)，而且具有致癌、致突变作用。80年代中期，人们又发现另一类卤乙酸(HAAS)，致癌风险更大，例如氯仿、二氯乙酸 (DCH)和三氯乙酸(TCA)的致癌风险分别是三氯甲烷的50倍和100倍。
