六盘水市财政局根据其职责设有多个内设机构，这些机构涵盖财务管理、预算编制、人事教育、国库管理、经济发展等多个领域。以下是部分主要内设机构的职责概述：
1. 办公室：负责机关的日常行政管理工作，包括文件处理、会议组织、机要保密、统计、后勤保障以及议案建议处理等。
2. 人事教育科：负责机关和下属单位的人事管理、机构编制，以及教育培训规划的拟定和实施。
3. 预算科：负责分析预算执行，提出预算管理建议，编制和审批市级年度预算，处理转移支付事务，编制年度财政决算，并参与税收政策研究。
4. 国库科：执行国库会计制度，管理财政账户，负责国库现金管理，以及地方政府债券的管理。
5. 经济建设科：负责发展改革、城乡建设等领域的部门预算工作，包括项目资金管理和财政性基本建设的管理。
6. 金融协调办公室：负责政府投融资计划编制，协调融资平台关系，管理政府债务和地方金融机构财务。
7. 社会保障科：负责社会保障和就业、医疗卫生等方面的预算工作，以及社会保险基金的监管。
8. 行政政法科：承担行政事业、政法等方面的预算工作，实施相关财政、财务管理制度。
9. 教科文科：负责教育、科技、文体等领域的部门预算，管理教科文专项资金，监督资金使用。
10. 农业与基层财政科：监督财政支农政策，管理财政支农资金，指导基层财政工作，负责惠农补贴发放和乡村债务管理。
11. 农业综合开发科：负责农业综合开发项目的规划、资金管理和监督。
12. 企业科：管理国有资产经营预算，负责企业专项资金的追踪问效，执行企业财务制度。
13. 综合科：分析财政经济形势，执行收入分配政策，负责政府外债管理和国际金融组织贷款监督。
14. 政府采购科：负责政府采购制度的实施和管理，处理采购投诉，查处采购中的违规行为。
15. 会计科：负责全市会计工作的管理，实施国家会计准则，以及会计专业技术资格管理。
16. 绩效评估科：负责财政支出绩效评估，参与重大项目和投资项目的财务管理。
17. 信息科：负责财政系统信息化建设和网络管理，提供信息技术支持。
18. 财政监督科：负责财政监督和内部审计，查处违法违纪行为。
此外，市纪委和监察局在财政局设有专门的纪检监察机构，负责内部监督和廉政建设。
根据《中共贵州省委办公厅贵州省人民政府办公厅关于印发〈六盘水市人民政府机构改革方案〉的通知》（黔委厅字〔2009〕73号）和《中共六盘水市委六盘水市人民政府关于市人民政府机构改革的实施意见》（市发〔2010〕4号）精神，设立六盘水市财政局，为市人民政府工作部门。