IgA肾病的病理特征在于IgA在肾小球系膜区域的积累。大部分患者会同时伴有C3、IgG和IgM的沉积。病理分级方面，根据LEE分级系统，可分为以下五个等级：
一级：肾小球病变轻微，大部分正常，仅轻度系膜增宽，可能伴随或不伴随细胞增生。小管间质保持正常。
二级：肾小球发生局灶性系膜增殖和硬化，新月体少见。小管间质部分保持正常。
三级：病变涉及弥漫性系膜增宽，偶见小的新月体和球囊粘连。小管间质有局灶性间质水肿，细胞浸润罕见，小管功能可能出现萎缩。
四级：严重的弥漫性系膜增殖和硬化，肾小球部分或全部硬化，新月体占比小于45%。小管功能退化，间质浸润明显，小管萎缩可见，间质泡沫细胞偶有出现。
五级：与四级相似，但病情更为严重，新月体占比超过45%。小管间质改变的程度也相应加重，与四级相比更为显著。
IgA肾病（IgA nephropathy，IgAN）又称 Berger病，是指肾小球系膜区以 IgA或 IgA沉积为主，伴或不伴有其他免疫球蛋白在肾小球系膜区沉积的原发性肾小球病。其临床表现为：反复发作性肉眼血尿或镜下血尿，可伴有不同程度蛋白尿，部分患者可以出现严重高血压或者肾功能不全。