MeRIP-seq实验分析流程｜m6A-seq实验分析流程

Question

如题所述

Answer 1

专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务，易基因为您详解甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验流程与分析思路。本文将从技术原理、建库测序流程、信息分析流程以及研究套路等四个方面，全面阐述这一科研利器。

一、技术原理：甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验基于表观转录组学，研究RNA上的化学修饰如何调节基因表达。m6A修饰，即腺苷酸N6位的甲基化，是mRNA上含量最高的修饰，参与mRNA的生命周期，如稳定性调控、RNA结构调控和microRNA靶标识别等。m6A修饰主要富集在终止密码子和3’UTR附近，通过特定的m6A甲基转移酶催化产生，被去甲基酶去除，并被结合蛋白识别。

二、实验流程：从样品处理到数据获得，每一步都至关重要。样品处理包括RNA样品检测、建库、测序等步骤。文库构建环节，首先对总RNA进行片段化，然后利用特异识别m6A修饰的抗体进行免疫共沉淀，接着高通量测序，结合生物信息学分析，最终在全基因组范围内系统研究m6A修饰状况。实验流程确保数据质量，为后续信息分析奠定基础。

三、信息分析流程：原始数据需进行质控，去除接头序列及低质量碱基。数据比对至参考基因组，形成“峰”（peak）以判断m6A修饰位置。MeRIP-seq与Input文库的reads数差异，形成峰（peak），定位m6A修饰区域。接下来进行m6A修饰的注释、分布统计、motif鉴定等深入分析。

四、研究思路与案例：MeRIP-seq/m6A-seq研究思路围绕特定目标，如全麻药物对婴幼儿的神经发育毒性。案例《Sevoflurane impairs m6A-mediated mRNA translation and leads to fine motor and cognitive deficits》探索七氟烷麻醉对婴幼儿精细运动和认知功能的影响机制。研究发现七氟烷麻醉后，m6A结合蛋白YTHDF1表达显著下调，影响了突触素（Synaptophysin）的mRNA翻译，进而损伤小鼠的精细运动能力和认知功能。此研究为预防或治疗全麻药的神经发育毒性提供了新思路。

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