EM菌在水产养殖中广泛应用，适应各类水产品，如鱼类、鳗鱼、鳖类、蟹类、蛙类、虾类、鳝鱼、螺类等，其作用机制独特。原液加入水体后，能杀灭或抑制病原微生物和有害物质，改善水质，增加溶氧，激活有益菌群和藻类生长，保持生态平衡。拌入饲料，可增强鱼的免疫力和生长力，减少疾病发生，如蟹苗成活率提升显著，中华石斑鱼的成活率大幅提高。
主要功效包括：降低病害风险，提高成活率，如蟹苗成活率增加近一倍；增加有益微生物，水面浮游生物和藻类增多；水质稳定，清新无异味，能见度提高；排泄物净化，减少鱼病；促进生长，增产增重效果明显，提前上市，产量和繁殖率均有提升。
使用EM菌原液有具体方法，如在四大家鱼养殖中，需在放养前对池塘消毒净化，投放饲料时加入稀释液，处理有机肥和粪便，防治鱼病。大型湖泊网箱养鱼也需采用类似方法，特别注意在放养前处理繁殖场和调节水质。对于特种水产，如对虾、甲鱼等，也有专门的处理措施，包括环境净化、饲料添加和食台管理。
保鲜方面，EM菌液用于水产品保鲜，能延长活鲜期并保持色泽。使用时需注意连续使用并遵循搭配使用原则，避免与抗生素等药物混用，以免影响效果或导致水质问题。
EM菌为一种混合菌一般包括芽孢菌、酵母菌、乳酸菌等等有益菌类。可用于食品添加，养殖病害防治，污水治理等等。