主要区别有，性质不同、特点不同、应用不同，具体如下：
一、性质不同
1、纯棉织物
纯棉织物是以棉花为原料，通过织机，由经纬纱纵横沉浮相互交织而成的纺织品。
2、涤纶
聚酯纤维，俗称“涤纶”。是由有机二元酸和二元醇缩聚而成的聚酯经纺丝所得的合成纤维，简称PET纤维，属于高分子化合物。
二、特点不同
1、纯棉织物
具有吸湿、保暖、耐热、耐碱、卫生等特点。缺点是容易皱，易缩水，易变性。
2、涤纶
抗皱性和保形性很好，具有较高的强度与弹性恢复能力。其坚牢耐用、抗皱免烫、不粘毛。
三、应用不同
1、纯棉织物
纯棉面料的吸湿抗热性较好，而且穿着舒适。一些对服装吸湿性要求比较高的行业的工作服就可以选择纯棉面料进行加工。比如说夏季的学校校服等。
2、涤纶
特别适于织造仿毛呢、哔叽等西装面料，外衣、外套以及各种装饰织物如窗帘、台布、沙发面料等。
棉花的生理特性
棉有喜温好光、无限生长和蕾铃脱落等习性。温度和光照对纤维成熟和强度的影响大。生长发育的适温为25～30℃，早熟品种要求10℃以上，积温不少于2900～3100℃，持续期不少于 150天，夏季最热月份的日平均温度不低于23℃；中熟品种积温至少3200～3400℃，持续期在200天以上；
晚熟品种积温超过3500℃，持续期在220～250天以上。棉子吸足相当于风干重的60%的水分后，在10～12℃开始萌动，温度高于16℃时下胚轴伸长，子叶出土。开花、结铃和纤维发育要求温度在20℃以上，低于20℃时花粉不能正常发育，纤维的加厚受阻。
但过高的温度也会抑制棉花生长发育，37～40℃以上时棉花花粉失去生活力，难以受精，造成大量蕾铃脱落。许多海岛棉和晚熟的陆地棉品种对短日照也有一定要求，而早熟和中熟的陆地棉品种对日照长度的反应已不敏感，在长日照和短日照下均能正常发育。
以上内容参考 百度百科-聚酯纤维
以上内容参考 百度百科-棉