南京博物院是中国三大博物馆之一，其前身是1933年蔡元培等倡建的国立中央博物院，是中国创建最早的博物馆、中国第一座由国家投资兴建的大型综合类博物馆，是大型综合性的国家级博物馆、全国综合性历史艺术博物馆。镇馆之宝有：金兽、釉里红岁寒三友纹梅瓶、透雕人鸟兽玉饰件、金蝉玉叶等。
1、镇护之宝－－金兽
这只西汉时期的金兽是1982年正月初七，盱眙县马湖店村农民万以全挖水渠时发现，通高10.2厘米，身长16厘米，身宽17.8厘米，重达9100克，含金量达99%，空腹、厚壁，浇铸成形，是迄今我国出土文物中最大最重的金器，金属铸造和捶击工艺完美结合的真罕实物，被誉为”国之瑰宝”。
2、御窑之宝－－釉里红岁寒三友纹梅瓶
明洪武釉里红岁寒三友纹梅瓶是明代陶瓷器，1957年3月出土于南京市江宁区东善桥响龙山明代墓葬，
为国宝级文物，是现存惟一一件带盖子而且保存完整的洪武釉里红梅瓶。此梅瓶造型优美，器型完整无缺，岁寒三友指松树、绿竹、梅花三种常绿植物，象征着高洁的志向。
3、通天之宝－－透雕人鸟兽玉饰件
透雕人鸟兽玉饰件出土于1991年，昆山市赵陵山遗址77号墓中。赵陵山位于昆山市张浦镇西南，属长江三角洲太湖水乡地带新石器时代遗址。
该饰件出土时放置在墓主右脚下的一个石钺圆孔处。据钺上部的朱色、缚痕和现场遗留的朱彩图案痕迹等判断，石钺原为带柄器。钺作为一种由武器演变而来的礼仪之器，显示着墓主人生前拥有的军事权威。透雕人鸟兽玉饰件应是钺上附加饰件，具有极高的历史价值和工艺价值，是我国出土时代最早的人鸟兽图案透雕精品，良渚先民通天神、显权威的神秘象征物。
4、贵媛之宝－－金蝉玉叶
1954年，在苏州五峰山博士坞的明代弘治年间进士张安晚家族墓地14号墓发掘中，考古人员惊奇地发现了这件金蝉玉叶，出土位置在墓主人的头部，同时出土的还有银笄二件、金银嵌宝玉插花四件，证明这件物品是贵族女子头上的发簪。
一只神形毕肖、金光闪耀的蝉立于玉叶上。它侧身翘足，双翼略张，嘴巴微开，蝉翼左右各两。玉叶系用新疆和田羊脂白玉精工琢磨而成，叶片打磨细薄呈凹弧状，分为八瓣，是一件构思巧妙、制作精美的稀世工艺珍品，妙趣横生、令人惊艳的罕见闺房至宝。
5、神异之宝－－青瓷神兽尊
西晋青瓷神兽尊在1976年出土于宜兴周处家族墓周墓墩中。神兽尊造型略微呈梨式，肩部两侧和腹部各有三只横系，上大下小，作品字形排列，平底微内凹。此青瓷神兽尊体量大，神兽的神态惊人，全身刻满纹饰，造型独特而又具有西晋瓷器的典型特征，是我国最早有铭款的瓷器之一。
6、护佑之宝－－银缕玉衣
银缕玉衣在我国仅发现一件，1970年出土于徐州市东汉彭城王刘恭后裔的墓中。玉衣全长1.70米，玉片2600余块，银丝约800克，形状与金缕玉衣相似。这是我国第一件经考古发掘、科学复原且品相完好的汉代银缕玉衣。
7、祭礼之宝－－人面兽面组合纹玉琮
人面兽面组合纹玉琮为新石器时代玉器，系透闪石软玉制成，呈乳白色隐现翠绿、赭红斑纹。造型为矮方柱体筒形，外方内圆。孔为两面对钻而成，琢磨光滑。
这也是新石器时代良渚文化琢玉工艺精妙绝伦的代表作，良渚人最富有特色的原始宗教信仰标志物。
8、弘觉之宝－－鎏金喇嘛塔
上世纪50年代，在牛首山弘觉寺塔地宫出土了一件鎏金藏式佛塔。这是明代佛教工艺绝品，国内出土唯一一件“迷你型”鎏金喇嘛塔。
这个鎏金喇嘛塔非常精美，在喇嘛塔的四周还有兽角佛像、瓷罐、玉瓶等。塔身有四个壶门，内有释迦、韦陀佛像，上施有相轮、十三天、宝盖、宝珠等。塔内须弥座上布置有一组佛像，须弥座内藏有珍珠、宝石、水晶、玛瑙、玉石、骨灰等物。整个鎏金塔安放在一个红色砂岩雕成的须弥山形基座上，四面雕刻胡人献宝、双狮戏球、双鹿嬉戏、蛟龙穿浪图案。塔座下枋刻：“金陵牛首山弘觉禅寺永充供养”，背面是“佛弟子御用监太监李福善奉施” 。
9、水墨之宝－－徐渭《杂花图卷》
《杂花图卷》是明代杰出的画家、书法家和文学戏剧家徐渭创作的一幅书画作品，是我国古代写意花鸟画集大成者的精绝之作，不愧“天下第一徐青藤”之美誉。
画卷长十余米，徐渭以酣畅淋漓之笔法，疾飞狂扫之气势，用焦墨、泼墨、积墨等多种笔法和技法，把牡丹、石榴、荷花、梧桐、菊花、南瓜、扁豆、紫薇、紫藤、芭蕉、梅花、兰花、竹子等13种花卉蔬果表现的淋漓尽致。
10、光明之宝－－错银铜牛灯
错银铜牛灯为东汉青铜器，1980年出土于江苏邗江县甘泉2号东汉墓。汉代青铜灯具中实用、科技与艺术完美结合的顶尖之作，其环保意识和设计领先西方国家一千多年。
铜牛灯由灯座、灯盏、烟管三部分组装而成，灯座是一俯首站立、双角上耸的黄牛。牛腹中空，背负圆形灯盘，灯盘一侧设置扁平把手，便于转动灯盘，盘上饰两片可以灵活转动的灯罩，其中一片刻镂空菱形斜方格形纹，起到散热、挡风和调光的作用。
镇馆之宝还有：福寿之宝－－青花寿山福海纹瓷炉；慈航之宝－－金观音菩萨立像；舆图之宝－－利玛窦《坤舆万国全图》；文房之宝－－鎏金镶嵌兽形铜盒砚；权信之宝－－广陵王玺金印；织绣之宝－－沈寿绣品《耶稣像》；天工之宝－－错金银重络铜壶；画像之宝－－竹林七贤砖画。