农民工辞职后不能及时结清工资时，应首先与雇主协商，若协商无果，可依次向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁、寻求法律援助并最终提起诉讼。
一、与雇主协商
农民工在辞职后，应首先与雇主进行沟通，明确提出要求结清工资的诉求。在此过程中，保持冷静和理性，以书面形式记录协商过程和结果，以便日后作为证据使用。
二、向劳动监察部门投诉
如果与雇主协商无果，农民工可以向所在地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门将依法对雇主进行调查，并协调双方解决工资问题。农民工在投诉时，应提供详细的证据材料，如劳动合同、工资条、工作记录等。
三、申请劳动仲裁
若劳动监察部门的协调仍未能解决问题，农民工可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，农民工需要准备充分的证据材料，并按照仲裁机构的要求进行申请。劳动仲裁机构将依法对案件进行审理，并作出裁决。
四、寻求法律援助
在整个过程中，农民工可以寻求法律援助，以获得专业律师的帮助。律师将协助农民工分析案情、收集证据，并代表农民工参与协商、投诉、仲裁等程序。
五、提起诉讼
如果劳动仲裁未能解决问题，农民工可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，农民工需要按照法院的要求提供证据材料，并出庭参加诉讼。法院将依法对案件进行审理，并作出判决。
综上所述：
农民工辞职后不能及时结清工资时，应首先与雇主协商，若协商无果，可依次向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁、寻求法律援助并最终提起诉讼。在整个过程中，农民工应保留好相关证据，以便维护自己的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》
第五十条规定：
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《保障农民工工资支付条例》
第三条规定：
农民工有按时足额获得工资的权利。任何单位和个人不得拖欠农民工工资。
《中华人民共和国劳动合同法》
第八十五条规定：
用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
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