三年后，三人都有了长足进步（其实我觉得三人的成长是佐助>小樱>鸣人，而佐助的成长远远超过他们两个人）。同时，晓开始以二人为小组行动捕获尾兽（尾兽共九只，以尾巴为特征分别是一到九尾），成员全部是各国S级通缉犯（个个都拥有BT的能力），目的是征服世界！关于晓的成员可以去查百度，不多说了。
迪达拉和蝎小组潜入砂隐成功捕获一尾守鹤我爱罗，带回基地后实行尾兽剥离。风影被掳，砂隐向木叶求助，木叶派出卡卡西班和凯班支援，砂隐已经退隐的千代婆婆一同出战（因为蝎是她的孙子，二十年前离村出走，而蝎的父母是被卡卡西的父亲木叶白牙旗木朔茂在战争中所杀！）。等他们赶到时，一尾已经成功剥离，我爱罗已死。随后分开作战，凯班对抗五行封印出现的各自的复制体。小樱和千代婆婆对付蝎，千代和蝎都是傀儡师，这场战斗让你看到什么才是超一流的的傀儡师！对比之后，勘九郎的傀儡术绝对是雕虫小技。蝎最终被打败。另一边的战斗中，卡卡西开出万花筒写轮眼（为什么卡卡西能开出万花筒，这还是个谜），他的万花筒的能力是空间转移，硬生生用眼睛把迪达拉的一只手给扭断了！不过他自己也因为副作用在医院里躺了一个礼拜。迪达拉见势不妙假装自爆逃跑，我爱罗已死，但是千代用转生之术把他救活，代价是一命换一命。另外，值得一提的是，阿飞登场。
晓陆续捕捉了其他尾兽，然后晓不死二人组华丽登场——飞段和角都，他们两个攻击了火之寺，于是纲手派出N多小队分头追捕这两个人，其中包括阿斯玛。阿斯玛他们虽然追上了这两人，但因为实力上的差距和战前缺乏敌人的足够情报，阿斯玛战死。同时，鸣人在卡卡西指导下修行增强螺旋丸的威力。
阿斯玛葬礼后，阿斯玛班在卡卡西带领下出动复仇，而鸣人必须在完成新术赶去增援。他们分开敌方两人后逐个击破。鹿丸一个人干掉了飞段（智商200的体现！），另一边陷入僵局，鸣人及时赶到，用新术风遁·螺旋手里剑干掉了角都。可惜新术对自身损害极大，纲手不允许鸣人再用。
接下来好戏上演。佐助翅膀硬了，反过来把大蛇丸干掉了。迪达拉跟鼬有过节，跑去骚扰佐助，结果打不过（其实并不是迪达拉实力不济，关键是因为属性相克），想自爆同归于尽，佐助跑了，他自己真的自爆死掉了。
自来也为了侦查晓潜入雨隐村，晓的首领佩恩现身，双方展开激烈战斗。佩恩拥有与传说中六道仙人一样的眼睛——轮回眼，是三大瞳术中最厉害的瞳术。佩恩的本体长门原本是自来也在第二次忍界大战中所收的徒弟，本着让世界恢复和平的愿望却误入歧途，被幕后老大阿飞所利用（自称宇智波斑，宇智波斑是第一个万花筒开眼者，也是唯一一个拥有永恒万花筒的人，但世人都认为他已经在终结之谷与初代火影战斗中战败死亡）。自来也战死，临死前让蛤蟆带着情报逃走了。但是这场战斗真的很精彩。
同时佐鼬兄弟展开决战。鼬的实力远在佐助之上。但其实鼬已经病入膏肓，只是在勉强战斗。鼬在战斗中一直假装要夺取佐助的眼睛，临死之前仍然维持着这种假象。结果这场战斗佐助不胜而胜鼬不败而败。
然后阿飞现身，自称宇智波斑，开始向佐助揭开鼬的秘密。阿飞的身份和目的也开始变得明朗（但阿飞的真实身份还是不为人知，很多人怀疑他不是真正的斑）。16年前，宇智波一族密谋叛变，鼬作为宇智波一族在暗部中的间谍，同时效力于暗部，成为暗部安插在宇智波一族中的间谍，也就是双重间谍。鼬不希望因为宇智波一族的野心酿成战争，使木叶毁于一旦，接受了木叶上层下达的诛杀宇智波一族的任务，但是要求留下自己的弟弟。上层包括三代火影、团藏（曾与三代争夺火影宝座，武斗派）、两位顾问，知情者只有这几人，但阿飞也知道了。于是，在那个夜晚，宇智波一族除了佐助被杀了个精光。鼬不希望佐助知道真相，而是希望佐助杀了自己以后回到木叶成为木叶的英雄。但佐助知道真相以后，无法接受鼬的意愿，发誓为了复仇将要毁灭木叶。而佐助也因此成为了阿飞的一颗棋子。
自来也牺牲后，鸣人跟随蛤蟆仙人去妙木山修行仙术预备对抗佩恩。佩恩有六个人，天道、地狱道、人间道、修罗道、饿鬼道、畜生道，他们可以共享视界，也就是相当于常人六倍的视野，每个人拥有一个系统的能力（具体的能力百度搜索可以找到），但本体不在其中，本体是第七道外道长门，在别的地方用查克拉控制六个佩恩。鸣人还在修行中，佩恩开始攻击木叶，卡卡西战死，木叶被摧毁。鸣人及时赶回，用仙术打败六个佩恩（仙人模式下的风遁·螺旋手里剑经过改良，可以像真正的手里剑一样扔出去），找到本体长门，长门被鸣人说服，使用外道·轮回天生之术复活了木叶在这次战役死去的所有人（卡卡西想想也肯定不能死，面罩都还没拿下来）。长门查克拉使用过度死去，小南带着长门和弥彦的尸体离开。纲手昏迷不醒，大名召开会议任命团藏成为第六代候补火影，去参加五影会议，商议对抗晓。（动画400大概到这里）
五影会议在中立国铁之国举行，团藏在会议中企图用写轮眼控制会议主持推举自己为盟军首领。被水影随身护卫青识破（青有一只白眼），原来团藏绷带下的右眼和右臂是从宇智波止水身上移植而来的。这时白绝出现在会议场，打断会议，佐助在场外准备找团藏寻仇。团藏趁机逃跑，佐助仗着须佐之男跟其余几影硬拼败阵，斑及时赶到救下佐助。斑开始讲述六道仙人的故事，六道曾是十尾人柱力，临死前用地爆天星将十尾实体困在月球上，并将十尾查克拉分成九份成为九只尾兽。斑说出收集尾兽的目的：成为十尾人柱力，实行对全世界进行催眠的无限月读。随后要求忍者五大国交出八尾九尾，遭拒绝后宣布第四次忍界大战。
斑带佐助追上团藏，团藏亮出右手（手上N只写轮眼），发动写轮眼禁术：伊邪那岐（摆渡可知，能将施术者包括死亡在内的一切不利因素，瞬间转化为梦境，而且能将攻击者一切有利因素转化为现实，是能够自由控制现实和梦境的界限，向自己施放的终极幻术，即自由转换虚幻和现实，代价是失明，施术持续时间依个人情况而不同），但依然败下阵来。佐助写轮眼使用过度失明，斑为佐助移植鼬的双眼。同时，八尾（八尾是雷影的弟弟）VS鬼鲛，打得难解难分的时候雷影赶到，两兄弟干掉了鬼鲛（其实鬼鲛没死，隐藏在大刀鲛肌中被八尾带回雷隐村，执行潜入任务）。
兜移植了大蛇丸的细胞，变得比大蛇丸还BT。他找到斑要求合作，使用秽土转生召唤出长门、蝎、鼬、角都、迪达拉及最后一具神秘棺材，斑答应合作。
鸣人来到八尾修行的岛屿（随行人员有大和、凯和另一位上忍山城青叶），跟随八尾学习控制尾兽。在修行中，需要拉出九尾查克拉，在鸣人被九尾的意识侵蚀的时候，鸣母玖辛奈出现在鸣人的意识中（跟四代出现的方式相同），鸣人在母亲的帮助下成功分离了九尾的意识和查克拉，显现出了仙人体。接下来，玖辛奈开始讲述16年前九尾袭击事件的真相。玖辛奈来自涡之国，她是作为下一任人柱力而来到木叶村的，千手一族与漩涡一族乃是血亲，漩涡族的人擅长封印（四代的封印术是玖辛奈教的）和拥有超人的生命力（涡之国后来在忍界大战中覆灭），上上任九尾人柱力是初代火影的妻子，同样来自于漩涡一族。16年前，玖辛奈将要分娩时（即她对九尾的控制力最弱时），面具男（也就是现在的阿飞）抓准时机利用刚出生的鸣人将四代调虎离山，抓走玖辛奈强行召唤出九尾。在九尾攻击木叶的时候，调开四代并交了手（两大时空忍术的交锋），四代能够伤到他却无法打败他（用螺旋丸打断他一只手，但他拥有恢复肉体的能力），阿飞占不到便宜遂隐遁（或者说也许阿飞的目的已经达到了），四代回到战场面对九尾。四代原本可以不用死，玖辛奈准备以最后的查克拉与九尾同归于尽以保全丈夫儿子以及木叶，但四代为了今后有人能够对抗面具男，选择了将九尾的一半查克拉进行了尸鬼封尽，一半查克拉用八卦封印封印在鸣人体内，在鸣人体内设置了查克拉为了能在将来见到鸣人，然后与玖辛奈共赴黄泉。故事讲完，玖辛奈离开。
鸣人完成修行，在使用九尾查克拉时会显示出仙人体（再加上仙人状态与两大蛤蟆合并，估计实力会更上一层楼），并拥有了新的能力（拥有强盛的生命力，能够感受到负面感情，得到了在一定程度上可与金色闪光媲美的速度），因此发现了藏在鲛肌中的鬼鲛，一拳打得鬼鲛吐血落荒而逃。鬼鲛在逃跑过程中刚好遇上来找鸣人的凯一行人（AB故意创造了机会给鬼和凯两人单挑，其他人被迫狗血地让道了，凯一下子就开到了六门）。鬼鲛把情报放入召唤出的鲨鱼腹中，被凯追上，于是施术出现无数鲨鱼混淆视线，由于鲨鱼数量太多朝孔雀应付不过来，凯被迫开到第七门，使出必杀技“昼虎”，鬼鲛的大鲛弹之术瞬间瓦解，截下了鬼鲛的情报，鬼鲛被秒到遍体鳞伤被俘，其他人追上，山城青叶使出与山中亥一类似的能力读取鬼鲛的记忆（来到的岛上的人个个人尽其用，AB太假了），记忆中出现鬼鲛第一次见到斑的场景（斑一直在操纵三尾人柱力四代水影矢仓，这时从水影身后现身在鬼鲛面前），鬼鲛对斑的忠心类似于君麻吕之于大蛇丸以及白之于再不斩。这时鬼鲛为了不让情报泄露咬舌以保持清醒，并挣脱束缚召唤出鲨鱼把自己吃掉了（你应该知道忍者的尸体是不能留给敌人的），鬼鲛壮烈牺牲。鸣人等人为了确认情报里的内容，打开卷轴后中了陷阱被携带情报的鲨鱼逃脱。
其实到这里阿飞的身份应该已经比较明确了，应该就是宇智波斑。
另一面，斑去找小南要夺取轮回眼。小南准备与斑同归于尽，用纸手里剑加爆炸符炸掉斑右手，面具被毁掉一部分，脸漏了四分之一，但是没死，因为斑及时把爆炸转移了。小南使出秘术要将斑封入纸海之中。小南在斑身边布置了无数起爆符，让斑无法使用时空忍术逃走。但是斑牺牲左眼用了禁术伊邪那岐躲过了爆炸和封印，并揭露只有同时拥有千手和宇智波的力量才能使用伊邪那岐，当年终结谷之战世人都以为是斑输了，但其实斑却获得了千手的力量。小南战败，斑找到长门的尸体所在，并说出了长门其实是漩涡一族的后裔。得到轮回眼以后，斑换了一身行头（应该已经移植了新的眼睛），带着新的面具（是勾玉轮回眼的样子），拿着和初代战斗时候的团扇，将要去捕捉九尾。
兜提出由他去捕捉八尾和九尾，于是斑给他看了外道魔像的本体，以及用他当初从初代火影柱间身上窃取的细胞培植而成的无意识的柱间的身体，而且还有用尾兽查克拉造出来的十万战斗力，其实是十万个绝的克隆体。兜启程。
漫画512到此结束
可能看完你会觉得有点云里雾里，你自己看漫画看到后面就明白了。
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考