按照代理期间的长短划分，船舶代理关系可分为长期代理关系和航次代理关系。船公司可按照船舶到达某一港口的频繁程度决定与代理人建立长期代理关系或航次代理关系。但是，在中国，由于船舶代理业务长期以来都是独家经营的，因此在同一港口，同一船舶的不同利益方习惯上会委托同一代理人为自己的利益代办有关业务。也就是说经常出现民法上所说的“双方代理”的情况。虽然从代理的法理上说，这种“双方代理”是无效的可是从中国船舶代理的现实考虑，却不能不承认这种现实的存在。所以，按照代理关系中委托人的主次地位划分，在中国还存在着所谓第二方委托代理的代理关系形式。 船公司根据船舶营运的需要，在经常有船前往靠泊的港口为自己选择适当的代理人，通过一次委托长期有效的委托方法，请代理故则照管委托期间内所有到港的属于委托方或由委托方经营的到港船舶的在港业务，这种代理关系称为长期代理。长期代理不需要按船逐航次委托。长期代理关系一经建立，只要没有发生所规定的可成为终止长期代理关系的事项，代理关系就可以一直继续保持下去。通常可以成为长期代理关系终止的事项主要有：由于政治原因不宜继续保持长期代理关系；由于委托人企业倒闭等财务方面的原因而不能继续保持长期代理关系；或委托人长期无船来港而要求终止长期代理关系。
建立长期代理关系可以简化委托和财务往来结算手续。就班轮运输而言，在固定航线上，船舶经常往返于航线的固定的挂靠港之间，当然以建立代理关系稳定、经营可靠、操作方便的长期代理关系更为合理。这种代理关系的建立，既可以通过签订正式的专门委托代理合同而建立，也可以采用以委托人书面向代理公司或代理人提出委托，经代理公司或代理人接受的方式来建立，而业务实践中以后者更为常见。长期代理往来账目一般定期结算。 航次代理是指对不经常来港的船舶，在每次来港前由船公司向代理人逐船逐航次委托，请其办理在港有关事宜形成的代理关系。主要是租船或特殊情况下到港的船舶使用。凡与代理人无长期代理关系的船公司派船来港装卸货物，或因船员急病就医，船舶避难，添加燃料、临时修理等原因专程来港的外国籍船舶，均须逐航次办理委托，建立航次代理关系。航次代理的情况下一般须预先索汇备用金。船舶在港作业或所办事务结束离港，代理关系即告终止。
需要按航次委托代理的船舶，一般有承运FOB出口货和CIF或CFR进口货的国外派船；承运FOB进口货和CIF或CFR出口货的该国承租人租用外籍船舶的航次租船；来港办理交接手续的买船或卖船；办理交船和还船交接手续的定期租船；以及专程来港修理、避难、船员就医，添加燃料、淡水、伙食等项事宜的船舶。
船公司按航次向代理人委托航次代理时，须在船舶抵港前，以书面向船舶到达港的代理人提出委托，并在船舶抵港前的一定时间内，将船舶规范、有关的运输合同和货运单证寄交所委托的代理人。代理人接到书面委托，查明船舶国籍，明确船舶来港业务，了解运输合同，审核船舶规范、货运单证等是否齐全，明确费用的分担和费用的结算对象，如认为没有什么问题，经索汇备用金，航次代理关系即告建立。
对于一些经常来港的船舶和业务合作关系较好的船公司所属的船舶，有时在发来的函电中并不一定要有强调委托代理的字样（如attend,husband,act as agent），即可建立航次代理关系。在这种情况下，船公司只需要电告船名、预抵期、来港业务，或来电要求电告所需备用金额，或直接寄来货运单证，代理人即可根据来点要求，向提出委托或要求的船公司索取船、货资料和备用金，即可视为航次代理关系已经建立。
但是，对于首次来港或不经常来港船舶以及业务合作关系的船公司所属船舶，则必须由委托人提出书面委托才能代办委办的事项。如果船公司与代理人事先并无任何联系，虽然船长来电告知船舶预抵日期，甚至是提请代办委办事项，也不能认为是委托。在这种情况下，代理人应尽快与该船所属的船公司联系，取得对委托的确认，索取有关资料和备用金，并明确船舶来港任务，然后才可以认为已经建立航次代理关系。 在同一港口，同一船舶的不同利益方就不同的委办事项委托同一代理人时，按照代理关系的主次地位，除直接提出委托，并负责结算港口费用的委托方以外，要求代理人代办同一艘船舶有关业务的其他委托人均称为第二委托方。
在一般情况下，船舶代理的委托方是船方。而第二委托方既可能是船方，也可能是承租人、货主或其他有关方。一艘船舶的代理只有一个委托方，但同时可以有一个或几个第二委托方。委托方和第二委托方的确定，不仅要看由谁委托代理，港口费用由谁负担，而且还要看由谁负责结算。例如，有的航次租船合同规定，代理人由承租人委托，费用也由承租人结算，在这种情况下，承租人就是委托方。如果同时船舶所有人也要求船舶代理人为他办理业务，则船舶所有人就是第二委托方。又如租船合同规定代理人由承租人委托，而费用向船舶所有人结算，在这种情况下，船舶所有人是委托方，如果承租人也明确委托代理人为其办理业务，则承租人是第二委托方。代理人作为第二委托方代理同样应根据代办的业务向第二委托方索要代理费。
不过，并不是所有委托方之外的其他要求代办事务的委托人都是第二委托方。如果委办的事项非常简单，而且也不需要代理人承担什么责任，比如查询船舶在港动态，或代转信函等，都属于代理人应尽的责任。因此，单纯委办这些事项的委托人就不能作为第二委托方。如果委办事项比较复杂，而且代理人对委办事项的差错、疏漏要承担责任时，要求代办这些事项的委托人都作为第二委托方。比如货主或其他有关方委托办理接受船舶装卸准备就绪通知书（Notice of Readiness），要求提供装卸时间事实记录，提供船舶的各种装货单据，提供船长宣载通知等，除委托方外，均为第二委托方。
代理人与委托方以外的有关方建立第二委托方代理关系时，也必须由其提出书面委托。而且，第二委托方在提出委托要求时，也必须提供与委办事项有关的运输合同和其他货运资料，并汇寄备用金。
但是，如果租船人和船东共用一个代理，可能会有一点问题，那就是代理人所代表的不同委托方，有时会产生利益冲突，此时，代理人偏向哪一方，就不很明确了。因此，在目前一个港口存在多家船舶代理公司的情况下，既然委托方可以有选择的条件，那就完全可以选择不同的代理人。
