一般说来，志愿书应该是放在个人档案里的，团员证才是个人保存的东西，不知道你是属于哪种情况会出现两样一起丢失，既然已经入团了，因为证件丢失是不需要退团的，其实现在大多数地方对团员管理不是特别严格，如果没有开证明，也可以和现所在地的团组织联系一下，一般说起来，好好说说也可以解决（可以参考你档案的其他内容，比如个人履历等，政治面目一栏如果是团员可以作为佐证的）。
其实根据你个人所在地不同，难说是否团员有无影响，一般说，应该影响不大吧，一般只有学校、国企、机关、军队重视，如果不能补，又觉得有用，索性申请入党算了
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