目前为止，火箭队历史上共获得过两次NBA总冠军,分别是1993-1994和1994-1995两个赛季连续夺得NBA总冠军。
1993-94赛季，因为迈克尔·乔丹的退役，联盟进入一个群雄奋起的时代。在这个赛季，火箭队平联盟中开季15连胜的记录，并赢下最初24场中的22场，最终以58胜24负的成绩勇夺中西组桂冠。季后赛首轮火箭队轻松击败波特兰开拓者队晋级。但却在分区半决赛与凤凰城太阳队的较量中死里逃生。太阳先在火箭主场赢下两场下，以4-3惊险晋级西区决赛。随后在分区决赛中大胜犹他爵士队，自1986年以来第一次挺进总决赛，也是球队历史上的首座总冠军奖杯。在总决赛中，火箭队4-3击败纽约尼克斯队，为航天城带来了其各支体育球团中的第一座冠军奖杯，而奥拉朱旺也为他自己的功勋架上曾置了又一件战利品——总决赛MVP奖两届总决赛MVP均由奥拉朱旺获得。
（1993-1994夺冠阵容：哈基姆·奥拉朱旺，奥蒂斯·索普，维农·迈克斯韦尔，肯尼·史密斯，罗伯特·霍里，马里奥·埃利，萨姆·卡塞尔，斯科特·布鲁克斯，卡尔·赫雷拉，马特·布拉德，埃里克·莱利，里查德·佩德鲁斯卡，克里斯·简特，拉里·罗宾逊，厄尔·库里顿）
1994-95赛季，卫冕冠军休斯顿火箭队得到“滑翔机”克莱德·德雷克斯勒，和哈基姆·奥拉朱旺两人帮助火箭队以西部第六名的身份挤进了季后赛。在经历了一系列的季后赛大战之后，火箭队在总决赛中迎来联盟中的青年近卫军——奥兰多魔术队。在总决赛中，火箭队在击败魔术队完成卫冕的任务，豪取两连冠。成为NBA有史以来赢得总冠军的排位最低的球队，同时也是NBA季后赛中第一支淘汰了四支常规赛战绩50+球队的队伍。
（1994-1995夺冠阵容：哈基姆·奥拉朱旺，维农·迈克斯韦尔，肯尼·史密斯，萨姆·卡塞尔，克莱德·德雷克斯勒，罗伯特·霍里，马里奥·埃利，奥蒂斯·索普，卡尔·赫雷拉，佩特·柴尔库特，查基·布朗，蒂姆·布莱克，斯科特·布鲁克斯，特雷西·穆雷，赞·图拜克，阿德里安·考德威尔，查尔斯·琼斯）
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