南京农业大学是211的、教育部直属的副部级高校。
1949年4月,南京解放,国立中央大学农学院的教学工作未受影响。1949年8月8日,根据南京市军管会文教委员会通知,国立中央大学改名为国立南京大学。12日,成立国立南京大学校务委员会,中央大学农学院也随之更名为南京大学农学院。
抗战胜利后,金陵大学回迁至南京汉口路原址,并于9月份如期开学。根据华东军政委员会教育部的决定及《金陵大学、金陵女子文理学院两校合并筹备委员会拟具的两校合并方案》,1951年9月,两校合并为公立金陵大学。至此,金陵大学农学院结束了37年的教会学校历史。
学校北依紫金山,西临明城墙,整个校园与中山陵风景区浑然一体,毗邻全国重点文物保护单位——下马坊。下马坊是钟山风景区的标志性建筑之一,亦是世界文化遗产明孝陵的重要组成部分,设于1393年(明朝洪武二十六年)。牌坊体型伟岸,雕刻精细,书体公正,是明代初期石刻建筑的精品。
1979年1月,中共中央办公厅发出了“关于南京农学院复校问题”的电报指示,1979年1月11日,中共农林部党组、中共江苏省委联合提出了“贯彻中央关于南京农学院复校问题的实施意见”。不久,由农林部和江苏省革委会联合向国务院报告,恢复南京农学院为全国重点大学,实行农林部和江苏省双重领导的体制。同年,南京农学院在原校址恢复建制。