南京鼓楼医院的科室配置非常完善，拥有先进的医疗设施和专业的医疗团队。医院内部设有两所临床学院，以及丰富多样的临床科室，包括32个专业领域，如普外科、肝胆外科、泌尿外科、骨科、脊柱外科、血管外科等，这些科室在疾病治疗上具有显著的专业优势。
此外，医院还设有32个医技科室，它们提供全方位的辅助医疗服务，确保病患得到全面的诊疗支持。21个研究所和实验室的存在，为医院的科研工作注入了强大动力，不断推动医学科技的发展和进步。
值得关注的是，医院的普外科、肝胆外科、泌尿外科、骨科、呼吸内科、妇产科、消化科、免疫科、内分泌科和急诊医学科等是国家重点专科，更是江苏省“135工程”重点学科，以及江苏省的重点专科，表明他们在各自领域内的专业水平和影响力在国内具有领先地位。
在教育方面，南京鼓楼医院拥有17个博士生培养点和27个硕士生培养点，为医学界的新生力量提供了优质的学术研究和临床实践平台，为医疗事业的发展输送了大批优秀人才。
南京鼓楼医院，又名南京大学医学院附属鼓楼医院。位于南京市中心鼓楼广场南侧，毗邻南京大学，是一所集医疗、教学、科研为一体的大型综合性三级甲等医院。