真菌性鼻-鼻窦炎的临床表现根据病理学特征可分为非侵袭型和侵袭型两种主要类型。
1. 非侵袭型真菌性鼻-鼻窦炎主要分为真菌球（FB）和变应性真菌性鼻-鼻窦炎（AFRS）。真菌球的特点是鼻窦内可见暗褐或灰黑色团块，由大量真菌菌丝、孢子、退变细胞构成，鼻窦粘膜可能水肿或增生，但骨质不受侵犯。变应性真菌性鼻-鼻窦炎，以往称为嗜酸性真菌性鼻-鼻窦炎，现已改称为嗜酸细胞性真菌性鼻-鼻窦炎（EFRS），其病变组织中可见大量嗜酸细胞聚集和夏-莱结晶，真菌菌丝通常在Gomori染色下可见。
2. 侵袭型真菌性鼻-鼻窦炎则更为严重，涉及鼻窦粘膜和骨壁，还会向周围结构扩散。急性侵袭性者快速扩散至鼻腔和上颌窦，晚期可影响颅内和内脏；慢性侵袭性者发展较慢，初期局限鼻窦，晚期扩散至周围组织。组织病理学检查是诊断依据，HE染色可能阳性率为60%，Gomori染色则高达95%以上。
真菌性鼻窦炎又称霉菌性鼻窦炎。真菌性鼻窦炎是鼻科临床常见的一种特异性感染性疾病，近年来为了适应国际交流的需要，学者提议改名为真菌性鼻-鼻窦炎（fungal rhino-sinusitis，FRS）。传统观点认为，真菌性鼻-鼻窦炎多在机体长期使用抗生素、糖皮质激素、免疫抑制剂或接受放射治疗等情况下发生，也可在一些慢性消耗性疾病如糖尿病、烧伤致机体抵抗力下降时发生。