这是个非常有价值的问题，要回答这个问题需要分三个步骤，第一要了解大气层的分层和各层的高度位置；第二，要了解飞船的分类和轨道高度。第三，从确定的飞船类型对应大气层的分层。
首先，大气层从海平面向上逐层分为：对流层，平流层，中间层，热层和逸散层。
对流层的高度约为0km～7至11km
平流层的高度约为7至11km～50km
中间层的高度约为50km～80至85km
热层的高度约为80至85km～800km
逸散层的高度约为800km～2000km至3000km
其次了解一下绕地航天器的轨道分类和高度
大多数航天器都在近地轨道运行，其中轨道高度最低的多为间谍卫星、测绘卫星等；而载人飞船和空间站的高度约为300~400km；同步通信卫星等在地球同步轨道；还有一些特殊的卫星和航天器位于远地的高轨道。
最后，因为问题中问的是飞船所在的大气层的位置，飞船一般是指载人或者运输货物的特殊航天器，大多数飞船尤其是载人飞船的高度都位于近地轨道的300~400km，例如；中国的神舟、俄罗斯的联盟号、美国的龙飞船等都在这个高度区间运行。除了飞船之外，大多数的空间站也位于这个高度，例如：国际空间站的轨道高度为320~380km，另外，中国的天宫一号也位于这个高度区间。
这个高度属于大气层的热层，热层也叫暖层，但是这并不意味人在此高度可以感到温暖，正相反，这个高度的环境是极为恶劣的，背光的温度可达-150摄氏度，而受光的部分会高达+150摄氏度。这个高度接近真空，没有人类可以呼吸氧气和气压，航天员必须穿航天服才可以出飞船。由于电离层也包括在热层之中，所以在极地上空这高度会出现极光。
最后补充一点，并非所有的飞船一定要在地球的近地轨道运行，如果飞船有特殊的任务就可以采用不同的轨道，例如，1969年美国的阿波罗飞船就曾经脱离地球轨道飞向月球，并且围绕月球轨道运行。