楼主问的是剧情和结局不一样是么？
主要有以下几种限制因素：
一是出于电视青少年健康法律的要求，要删除不利于青少年健康成长的部分，比如家庭教师里狱寺本来是抽烟，用烟点燃武器的，出于教育考虑就将所有的武器改为自动爆破，删掉了所有抽烟情节，同理还有柯南之中的血近年已经变成黑色了，等等，包括欧美甚至出现过把火影里的再不斩的大刀完全从画面里p除和，把饭团改画成汉堡这样无力吐槽的事情。
二是由于动画制作周期和漫画绘制周期的时间差，动画是由动画制作公司制作，人手多制作快，而漫画靠作者一人速度慢，漫画动画化后，如海贼，柯南，死神，银魂这样的常年动画的热门就会逐渐赶上漫画的进度，但出于人气考虑一般不会休息，而是由动画组，自行编辑不影响主剧情的番外，采取迂回的方式，拖延时间。
三是像只有一季的新番，则是由于篇幅限制，不得已要删减情节，有的由于漫画还没完，像当年的黑执事，钢炼，动画组为了完整性，不得不自己诹一个结局，当然效果一般原作党相当愤怒。要么就留下一堆谜团，不了了之。很少有这样的漫画因为持续的高人气而得以继续动画化第二季，是很难的，所以就留下了烂尾。像是又制作了马戏团片的黑执事和漫画完结后重新制作了动画的钢炼都是很幸运的。
最后剧情不同，可能是动画监督的恶趣味而已，比如他就是看不惯一个角色，要删他戏，就是喜欢谁...。还有像新房昭之这样的原作粉碎机，根本就是任性。
追问篇幅怎么会有限制。
追答这是由于电视台播放决定的，一般的动画按季播放，每周一集，十二集正好三个月一季度，所以一般人气的漫画在动画化的时候首先都是考虑制作一季，十二集，可能由于各种因素有十到十五集的不同，但总体来说用十二集来表现漫画几年的剧情是很有限的，再有期待的就会做成年番，就是四季，播一年，只有反响极其热烈，人气高的，才有可能被继续动画化，比如黑子的篮球，但就是这样，也只是定下好几季计划而已，像之前柯南火影海贼时代，不间断制作，几乎是不见了。