地球，2089年。某次在英国苏格兰斯凯岛的考古发掘中发现的一件外星文明的遗迹，原来地球上的人类其实是被一种更高级的外星种族制造出来的，而这个外星种族就是当年在第一部《异形》电影里出现的异形飞船上的“宇航员”（space jockeys）那个种族。他们还改造了地球环境以使之适合人类生存。这个外星种族被人类当作神和上帝来崇拜，并被世界各地的人们编成了神话世代流传。
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普罗米修斯剧照
当人类在这些超古代文明中发现了他们星球的坐标后，为了与自己的创造者进行第一次接触，人类造出了“普罗米修斯”号飞船，飞向这个星球，我们称之为“天堂”（Paradise）的星球。
“天堂”位于Zeta Riticuli星系，人类花费两年多的时间终于来到了“天堂”但是等待他们的并不是热烈的欢迎，而是残酷的考验，在地下洞穴中人类发现了造物者们的遗骸，在遗骸中确认了人类与创造者之间的基因联系，但随后也在洞穴中发现了有机物质，且有机物质开始变异，形成早期生命体状态，并且开始袭击人类。
而后人类在人造人大卫的带领下发现了原来这洞穴是一个宇宙飞船，而且造物者中还有存活者，但在人类与造物者接触后却遭到了造物者的袭击，并且发现这些有机物质都是生物武器，而创造者的最终目的地居然是地球，为了防止这些可怕地生物武器前往地球，于是人类用普罗米修斯飞船撞毁了升空起飞准备飞往地球的创造者飞船。
最后剩余的人类（shaw）与某位造物者搏斗，搏斗中造物者被有机生命体抓住后寄生，人类（shaw）乘机逃出，与人造人大卫飞往真正的造物者星球，而最后那个被寄生的造物者胸腔中生出了第一只异形。