区别：
1、成分：
（1）盐酸小檗碱片：
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每片含主要成份盐酸小檗碱0.1克，
辅料为:淀粉、羧甲淀粉钠、羟丙甲纤维素、聚山梨酯-80、硬脂酸镁、欧巴代。
（2）复方黄连素片：
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复方黄连素片是中西药复方制剂，由4味药组成。
辅以木香、白芍等药材。行气止痛，缓解脐周、胀痛、及痢疾里急后重;佐以吴茱萸温中散寒，并制黄连之苦寒。诸药合用，有清肠热、行气缓急、止痛止泻之功。
2、主治病症：
（1）盐酸小檗碱片：
对细菌只有微弱的抑菌作用，但对痢疾杆菌、大肠杆菌引起的肠道感染有效，用于治疗肠道感染、腹泻。
（2）复方黄连素片：
行气止痛，缓解脐周、胀痛、及痢疾里急后重;佐以吴茱萸温中散寒，并制黄连之苦寒。
3、主次之分：
（1）盐酸小檗碱片：
盐酸小檗碱片是主药。可以单独服用。
（2）复方黄连素片：
复方黄连素片是辅药，服用时还要搭配其他药品。