钟山区住房城乡建设局的内部机构设置旨在高效履行其职责，具体划分为以下几个部门：
1. 办公室（财务股）：主要负责机关的日常行政事务，包括文件处理、会务安排、保密工作、后勤保障等，同时负责财务、编制、人事、教育培训等管理工作。此外，还负责房屋和市政工程事故的应急处理，以及法规文件的清理、审查和法制建设工作。
2. 住房保障股：致力于落实国家及地方住房保障政策，制定发展规划和年度计划，负责廉租住房补贴的发放和管理工作，同时指导和监督廉租住房物业管理。
3. 工程质量安全监管股：负责建筑工程的质量与安全监管，参与重大事故调查处理，并制定防灾减灾规划的实施监督工作。
4. 建筑市场城镇规划管理股：负责建筑市场的管理，施工许可、建设监理等事务，推进行业诚信体系建设，解决建筑行业欠款问题，同时推进建筑节能和绿色建筑的发展。
另外，该部门还承担城市建设与市政公用事业的发展规划，包括供水、燃气、污水处理等设施的建设与监管，以及对农村建房、村镇基础设施和危房改造的指导工作。