由著名建筑师徐敬直设计，经建筑大师
梁思成修改
南京博物院前身是1933年
蔡元培等倡建的
国立中央博物院，原拟建“人文”、“工艺”、“自然”三大馆，后因时局关系，仅建“人文馆”，即现在的南京博物院大殿，该建筑为仿辽代宫殿式，由著名建筑师徐敬直设计，经建筑大师梁思成修改，为博物院主楼，整个大殿雄伟壮观，是近代建筑史上的杰作，其结构部分按《营造法式》设计建造，某些细部和装饰兼采唐宋遗风。
南京博物院二期已完工，改扩建后的南博，形成“一院六馆”的格局，即历史馆、特展馆、数字馆、艺术馆、非遗馆、民国馆。另全院设“六所”的研究部门，即考古研究所、文物保护研究所、古代建筑研究所、陈列艺术研究所、民族民俗研究所、古代艺术研究所。