(一)对农村农业公共设施建设资金进行审查
农村道路、园林以及农业基础设施建设近年来随着城市化的进程，比以往大幅增加，但其建设规模相对较小，立项等级也不高，在前期招投标、中期项目管理和资金拨付、后期资金结算等方面还存在一定的薄弱环节，如果监督机制不健全，极易发生各类违法违纪案件。审计需对项目决策民主性、程序合规性、资金拨付合理性进行审查，对项目竣工决算进行核减。
(二)对被征地农民拆迁补偿资金进行审查
征地拆迁补偿资金下拨后，是否及时补偿到位，直接关系社会的稳定和谐，妥善安置被征地农民，解除他们的后顾之忧乃当务之急。审计需要对征地拆迁资金到位及时完整性、专项性进行审查。近年来多次发生征地资金被挪作他用、虚造拆迁名册套取资金的问题，主要原因内部监管跟不上，相关人员法律意识淡薄。在征地拆迁中为了安置部分被征地农民，政府往往下拨一定数额的土地出让金，这部分资金是主要用于被安置人员新建小区配套项目，包括后期物业管理维修。但有的相关部门在项目建成后，往往忽视后期配套建设，未把这部分资金当作专项资金管理，当成项目资金结余，挤占了这部分资金。
(三)对农业专项资金管理使用进行审查
农业专项资金除常规审查项目资金是否存在滞留现象外，还需要对项目立项合理性、程序的合规性进行审查，有无无科学依据，凭人情关系，对有关项目进行补贴。其次还应对项目效益情况进行审查，评价农业专项资金的效率、效果，分析当初决策的科学合理性。
(四)审查农民养老保险和农村医疗合作制建设情况
农民养老保险和农村医疗合作制度的建设，首要一环就是资金筹集，省、市、县(市、区)、镇(乡、街道)各级资金筹集是否到位，避免只算账面账。了解农村养老保险资金保值增值、运行缺口压力情况，被征地农民基本养老保险制度建立是否完善。农村医疗合作制实施总是否存在筹资年限短、总体筹资标准过低以及补偿经费包销是否过宽等现象的发生。
(五)审查涉农税费改革情况
近年中央和地方高度重视农业税费减免，以求减轻农民负担，增加农民收入。几次税费减免让农民得到了实惠，但各地执行进度和力度还有所不同，审计应对涉农税费减免情况进行专项调查，了解农民实际受惠情况，为政府政策的制定提供参考依据。
(六)审查村级财务公开和财务规章遵守情况
村级财务公开化早在几年前就已经提到一定日程上，随着公开化制度的推行，村级财务管理日见规范，但近年来村级领导干部、财务人员经济犯罪现象曾上升势头，已经引起各界的关注。分析原因主要有：1、公开尚不到位，存在形式化。在村级财务公开中常可以看到支出内容的公布，往往流于形式，未能细划；在暂存、暂付往来款中存在隐匿收入和不合规支出等问题。2、资金投向不合理。由于民主集中制的不完善，监督机制不健全，有的投资名义上打着为集体经济投资获利的幌子，实际上转为个人经营的铺底或周转资金，结果是收益少奉风险大，有的还存在无法收回的隐患。3、财务从业人员法律意识淡薄，存在侥幸心理。在征地资金规模不断增大的同时，个别财务人员相互勾结、虚报冒领，从中获利。
(七)关注农民工工资拖欠问题
农民工是当今经济建设的重要力量，农民工工资拖欠问题是关系农民工家庭生存以及社会稳定的大事，对财政资金建设的工程项目，要建立拖欠农民工工资黑档案，实行准入制度，对严重拖欠农民工工资的施工企业禁止参加招投标。
