扣缴义务人，也就是用人单位，为公民个人缴纳个人所得税后是可以获得百分之二的个税返还的，不过用人单位需要自己进行申请。一、个人所得税扣缴手续费返还如何网上申请操作扣缴义务人可在自然人电子税务局扣缴客户端发起个人所得税扣缴手续费退付申请，通过点击“退付手续费核对”，进入界面，点击“获取结报单”，扣缴义务人审核后点击“我已审核无误”，系统弹出“代扣代缴手续费退费申请”单，扣缴义务人选择确定开户银行后，点击“提交”，系统推送提示信息，告知“确认成功”，扣缴义务人点击“确定”后，申请结束。二、个人所得税应纳税所得额的计算（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分，可以从其应纳税所得额中扣除；国务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的，从其规定。本条第一款第一项规定的专项扣除，包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等；专项附加扣除，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出，具体范围、标准和实施步骤由国务院确定，并报全国人民代表大会常务委员会备案。三、个人所得税免征额公众对“起征点”存在误解。正确的说法应该是“个人所得税免征额”。“起征点”与“免征额”有着严格的区别：所谓起征点，是征税对象达到征税数额开始征税的界限。征税对象的数额未达到起征点时不征税。一旦征税对象的数额达到或超过起征点时，则要就其全部的数额征税，而不是仅对其超过起征点的部分征税。所谓免征额是在征税对象总额中免予征税的数额。它是按照一定标准从征税对象总额中预先减除的数额。免征额部分不征税，只对超过免征额部分征税。二者的区别是：假设数字为2000元，你当月工资是2001元，如果是免征额，2000元就免了，只就超出的1元钱缴税，如果是起征点，则是不够2000元的不用交税，超出2000元的全额缴税，即以2001元为基数缴税。根据法律规定可以得知，扣缴义务人可在自然人电子税务局扣缴客户端发起个人所得税扣缴手续费退付申请，按上述程序进行办理即可。
《中华人民共和国 个人所得税法 》第八条 个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。 《中华人民共和国个人所得税法》第十一条 对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给百分之二的手续费。