法律分析：初中休学手续办理流程如下：按照省学籍管理规定，学生因病或其他特殊原因，无法坚持正常学习的，可由学生本人或其父母、其他监护人持县级含县级以上医疗机构证明、病历、相关医疗费用单据或其他有效证明，经学校审核同意，报主管教育行政部门确认后办理休学手续。初中毕业年级第二学期一般不准休学。学生休学由父母或其他监护人提出书面申请，学校审核同意后，通过电子学籍系统报学籍主管部门登记。复学时，学校应及时办理相关手续。学生休学期间学校应为其保留学籍。
休学申请流程：
1、 由主管学年的学生处副主任审核休学学生病情诊断原始资料（病历复印件）。
2、 审核通过后到学生处领取休学申请书并提出书面申请。
3、 班主任认证，学年主任签署意见，学生处主任审核，校长签字同意。
4、 学校出具休学证明、初中升高中学生学籍档案、学籍簿。
5、 由家长带相关材料（休学证明、初中生高中学籍档案、学籍簿）到教育局中教科办理手续。
6、 家长送回相关手续，学生处保存。
法律依据：《全国中小学生学籍管理办法》 第十九条 学生转学应由家长（监护人）填写《转学申请表》向转入学校申请，学校审核后通过学籍系统经转出学校及双方学籍主管部门、审核同意。
转入或转出学校和学籍主管部门应当在规定的时限内完成学生转学审核。出现争议的，由双方共同的上一级教育行政部门协调解决。
学生休学期间不得转学。转学不得变更就读年级。