注册资金100万与判断是小规模纳税人还是一般纳税人没有直接关系。税务机关核定纳税主体是一般纳税人还是小规模纳税人时，主要依据的是年销售额的多少。
一般纳税人和小规模纳税人的相关介绍：
一般纳税人是指年应征增值税销售额超过财政部、国家税务总局规定的小规模纳税人标准的企业和企业性单位。其中会计核算健全，能够提供准确税务资料的，可向主管税务机关办理一般纳税人登记。小规模纳税人是指年销售额在规定标准以下，并且会计核算不健全，不能按规定报送有关税务资料的增值税纳税人。
一般纳税人和小规模纳税人的区别具体如下：国家规定标准不同；适用税率不同：小规模纳税人一般适用3%、5%两档税率；一般纳税人一般适用6%、9%、13%、0%四档税率；性质不同：小规模纳税人取得增值税专用发票不能抵扣进项；一般纳税人取得增值税专用发票可作为当期进项税抵扣。
注册资金的相关介绍：
注册资金是国家授予企业法人经营管理的财产或者企业法人自有财产的数额体现。注册资金是企业实有资产的总和;注册资金随实有资金的增减而增减，即当企业实有资金比注册资金增加或减少20%以上时，要进行变更登记。注册资金就是企业全部财产的货币表现，是企业从事生产经营活动的物质基础，是登记主管机关核定经营范围和方式的主要依据。
法律依据：
《增值税暂行条例实施细则》
第三十四条有下列情形之一者，应按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票：
（一）一般纳税人会计核算不健全，或者不能够提供准确税务资料的；
（二）除本细则第二十九条规定外，纳税人销售额超过小规模纳税人标准，未申请办理一般纳税人认定手续的。
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