冬季天气比较寒冷，当气温降至0℃时，要将锦鲤及时转移到室内鱼池越冬，室内水温要保持在2℃～10℃，重点是保温，适当投饵，保膘防病，11月至翌年3月期间为锦鲤越冬期。
在南方，冬季的多数时间温度是比较适宜的，不需要对锦鲤采取特殊的保温措施。但是偶尔的冷空气也会使得温度变化较大，容易对锦鲤产生不良影响。
因此，在遇到如当前的冷空气时，应该注意在锦鲤养殖场所的北边做挡风措施，尽量避免冷风对锦鲤的影响，同时，也可以适当地加深
锦鲤鱼池水位，保持底部温度稳定。
北方，当十月上旬，水温开始下降时，就需要将锦鲤鱼幼苗从室外转到室内加温养殖，放养密度为每平方米150~250尾。保温室可以是塑料大棚，在
北方地区以房屋为宜。
一般是在锦鲤鱼池中直接加入温水，但水温较高的热水源，建议先与凉水混合调温适宜之后再进行添加，尽可能使水温稳定在22~28℃。夜间温度低，调温特别重要，加水次数和时间，要根据天气和水温灵活掌握。
季节交替常伴有阴雨天气，容易引起水质突变，
寄生虫滋长，因此需要做好锦鲤池的消毒工作。
在冬季，气温多变容易使得锦鲤患上“感冒病”。鱼表现出活动失常，或游动无力，或停滞在塘边，或频繁跳跃，或相互摩擦等。
出现以上症状，主要是因为气温变化突然而锦鲤来不及适应，或是水质不好有寄生虫寄生引起。而用海盐化水后全池泼洒将养殖池水的盐度提高到千分之五，可有效预防锦鲤“感冒病”。
锦鲤是冷血性动物，随着气温下降，投喂量也应该相应调整。华南区初冬如果水温在18～20℃左右时，每周投喂2～3次即可，如果水温继续降低，要适当减少投喂量。倘若降低到16℃以下时，锦鲤开始出现停止摄食的情况，此时可不喂食。
在水温低时，水中耗氧细菌下降，锦鲤肠内的消化酵素减少，给锦鲤喂食太多易造成
消化不良，虽然在一般情况下不会死亡，但到第二年春天，锦鲤只会横向生长，变成胖胖的，造成形态不美观。
由于投喂量减少，锦鲤的排泄物也相对较少，对水质影响不会很大，所以入冬后换水的时间间隔也较之前要长，以加注新水为主。
在冬季，如果锦鲤受伤，很容易引发
水霉病，但是冬季往往是锦鲤的销售旺季，对锦鲤的捕捞次数较多，操作稍有不慎会碰伤鱼体。
对此，捕捞锦鲤时，一定要用网迎着锦鲤前进方向轻轻兜取，既准又快，不易碰伤鱼体。相反，如果老用网在锦鲤后追着捞取，网在水中有了阻力，用力追捕易碰伤鱼体，就会给病菌的侵入提供了机会，所以要尽量避免因操作不慎碰伤鱼体。