膜蛋白主要包括以下几种：
1. 跨膜蛋白（Transmembrane proteins）
跨膜蛋白是嵌入脂质双层中的蛋白质，它们贯穿整个膜，形成α-螺旋结构或β-桶结构。这些蛋白在细胞内外的物质转运、信号传导等方面起着重要作用。许多转运蛋白（如载体蛋白和通道蛋白）属于此类，它们参与营养物质和信号的跨膜转运。
2. 外周膜蛋白（Peripheral membrane proteins）
外周膜蛋白位于膜的外部表面，通过离子键或其他弱相互作用与膜结合。这些蛋白并不贯穿整个膜，但它们对于维持膜的稳定性、与其他膜蛋白的相互作用以及信号的调控等方面具有关键作用。典型的例子包括某些受体、酶和细胞黏附分子。
3. 膜关联蛋白（Membrane-associated proteins）
膜关联蛋白是与膜结合但不跨越整个膜的蛋白质。它们通常通过特定的结构域与膜结合，这些结构域被称为“锚定结构域”，如糖基磷脂酰肌醇（GPI）锚定。这类蛋白在细胞的信号传导、细胞骨架与膜的相互作用等方面起到重要作用。一些受体和酶类也属于这一类。