北京协和医学院是清华大学的下属。北京协和医学院、清华大学医学部和清华大学医学院这三者没有区别都是指清华大学的医学系。
在卫生部、教育部的共同支持下，发挥清华大学多学科综合优势，优化整合医学教育资源，根据充分酝酿、积极准备、稳健推进的原则。
将原中国协和医科大学和原清华大学医学院逐步整合成为一个一流的医学院，清华大学不再另办医学院。
临床医学专业及非临床医学专业的学生研究生毕业证书和学位证书盖“清华大学”和“北京协和医学院”两个公章。
清华大学和北京协和医学院-清华大学医学部成立专门工作班子，共同负责《实施意见》的具体操作，分步加以实施。