法律分析：第一步按时间分类分流。 根据各地城市规划的具体时间合情合理地确定违法建筑的时间界限。具体可采取两段式或三段式。两段式即划定一个时间点，在此时间点之前形成的违章建筑可补办手续作合法建筑处置，在时间点后的作违章建筑处理。三段式是划定两个时间点，在第一个时间点前的一律补办手续，不予处罚，作合法建筑处置：在第一个时间点之后，第二个时间点之前的，从宽处理，能不拆除或没收，一律不处以拆除或没收;可以不予行政处罚的，一律不予行政处罚：在第三个时间点之后的要从严处。其中，多数学者建议采取三段式，理由是城市规划是一个复杂的过程，应当有一个过渡期。对可以直接补办手续的，直接进入补办手续阶段;对需进一步处理的则进入下一步。
法律依据：《中华人民共和国城市规划法》第四十条 “在城市规划区内，未取得建设工程规划许可证或者违反建设工程规划许可证的规定进行建设，严重影响城市规划的，由县级以上地方人民政府城市规划行政主管部门责令停止建设、限期拆除或者没收违法建筑物、构筑物或者其他设施;影响城市规划，尚可采取改正措施的，由县级以上地方人民政府城市规划行政主管部门责令限期改正，并处罚款”。