第三十三话
阿京去了京都玩，光子郎则和阿贤讨论数码世界的事，其他人去阻止黑战斗暴龙兽破坏神圣石。大辅他们到达时，神圣石已经被黑战斗暴龙兽破坏，空间扭曲使黑战斗暴龙兽来到京都。阿贤收到阿京的通知，带钝钝兽去京都，将孙·悟空兽带回数码世界，并与大辅他们汇合对抗木乃伊兽。阿京遇到阿空的父亲和阿丈的哥哥，得知了一些关于数码世界与京都的联系。后来，忍者兽将武士兽送进数码世界，而黑战斗暴龙兽和其他数码兽又回到了数码世界。
第三十四话
黑战斗暴龙兽又破坏了一块神圣石，突然出现了一个痛苦挣扎的身影，黑战斗暴龙兽觉得那只数码兽就是它要找的目标。阿武非常愤怒，使伊织觉得很困惑。第二天，大辅他们先于黑战斗暴龙兽找到神圣石，但是亚基利兽和木乃伊兽也一起攻击。天使兽被黑战斗暴龙兽打败，突然神圣石发光，使天使兽超进化成神圣天使兽，打算用天堂之门将黑战斗暴龙兽吸走。黑战斗暴龙兽用盖亚能量炮一击打碎神圣石，使神圣天使兽退化，天堂之门消失。那个身影又再次出现。
第三十五话
黑战斗暴龙兽又破坏了一块神圣石，而且那个身影又出现了。阿贤要与大辅他们商量对策，于是打电话和妈妈说去朋友家吃饭，他妈妈非常高兴。伊织去向阿和询问阿武的事，得知了天使兽用生命封印恶魔兽的事。第二天是星期天，甲虫兽发现第六块神圣石在海底，就让小光通知大家。海狮兽找来许多海系的数码兽帮忙，集所有数码兽的攻击，终于打倒了黑战斗暴龙兽。但是它又站起来了，并用盖亚能量炮分开海，露出神圣石，这时，伊织挡在神圣石前面求黑战斗暴龙兽，使它想起那朵花而不忍心伤害伊织。最后黑战斗暴龙兽还是下定决心破坏了神圣石。
第三十六话
黑战斗暴龙兽仍在寻找最后一块神圣石，而亚基利兽和大辅他们先后来到中华街的美食店。由于飞虫兽没来到，而亚古拉兽和迪路兽体力不足，不能进行合步进化。幸好老板蛋蛋兽逃走后，亚基利兽它们想知道汤料是什么而离开了。伊织下定决心改变自己而叫大家吃拉面补充体力。木乃伊兽发现了汤料所在的池子，在喝了以后突然神圣石从池子里出来了。黑战斗暴龙兽和大辅他们同时发现。在前两对组合合步进化以后，天使兽和战甲兽也成功合步进化成古神兽，三只完全体数码兽一起对抗黑战斗暴龙兽！
第三十七话
古神兽拥有可以克制黑战斗暴龙兽的力量，集三兽之力终于打倒黑战斗暴龙兽。但是，黑战斗暴龙兽依靠顽强的意志又站起来了，并且将三兽打倒，准备破坏最后一块神圣石。大辅他们下定决心保护神圣石，便用暴龙机对准神圣石，原来被破坏了的神圣石的位置发出光芒集中于此，召唤出青龙兽！黑战斗暴龙兽已经没有足够力量与青龙兽战斗，失去生存目标的它悲哀地离开了。青龙兽则向大辅他们讲述装甲进化以及各个纹卡的含义等信息。
第三十八话
大辅他们终于将数码世界里所有的黑暗塔破坏了，同时圣诞节快到了，阿贤邀请大家到他家玩，伊织也终于原谅了阿贤，众人接受了邀请。回到现实世界后，大辅眼前突然闪过黑暗塔的形状。第二天，众人将太一等人的数码兽接到现实世界来与太一他们团聚。晚上，大辅等人去阿贤家玩，太一等人则去听阿和唱歌。突然，数码兽出现破坏了现场，而且太一发现了黑暗塔！大辅他们赶到后，破坏了黑暗塔并在暴龙兽等的帮助下将所有数码兽送回数码世界，但是，危机似乎又在逼近……
第三十九话
数码兽再次出现在现实世界，而且在曰本各地都有！大辅听到阿贤住的地方有数码兽出现，便决定单独去接阿贤。三头龙兽出现在那里，大辅赶到后破坏黑暗塔并让机甲龙兽去与三头龙兽战斗。然而三头龙兽非常强大，机甲龙兽被打得无还手之力。这时，变得年轻的加来出现在众小朋友面前，并拿出青龙兽身上的一颗数码珠，放出神圣力量，大家都可以进化成完全体，并且机甲龙兽进化成帝皇龙甲兽，终于将三头龙兽送回数码世界。接着，帝皇龙甲兽又到了曰本各地，在半小时内将曰本的所有数码兽都送回数码世界。全世界的数码大门都打开了，加来告诉大家只有D-3才能将大门打开，于是12个小朋友将分别到6个地方，与全世界被选中的小朋友一起将数码兽送回去。
第四十话
帝皇龙甲兽将各人送到该去的地方后，到指定的地点退化。大辅来到纽约见到美美和加来的复制人，其他被选中的小朋友则将数码兽带到指定的地方。祖利兽突然发狂，花仙兽、V仔兽EX以及其他被选中小朋友的数码兽一起攻击，终于制服了祖利兽。大辅打开数码大门，将数码兽送回了数码世界。在香港，光子郎和小光见到拥有八爪鱼兽的三兄弟，准备在九龙公园将由亚洲被选中的小朋友送过来的数码兽送回数码世界。但是在穿越中国国境时受到阻拦，大家想出办法证明数码兽们是有智慧的，终于安全通过。小光他们的任务也完成了。
第四十一话
阿丈和伊织来到悉尼破坏黑暗塔。突然见到被选中的小朋友以及贝壳兽、龙虾兽和墨鱼兽，于是大家用“数码暴龙什锦海鲜攻击”吓跑它们，并追上去。突然，阿路加兽出现，海狮兽超进化成祖顿兽，与潜鲨兽一起打败了阿路加兽。巨蟹兽进化成的古尼兽破坏了黑暗塔，然后伊织打开大门将数码兽放回数码世界。巴黎那边，阿武、太一和阿武的爷爷发现凡尔赛宫有数码兽，原来是豆豆兽三兄弟。后来，还出现了炸弹兽。机械暴龙兽和神圣天使兽破坏了黑暗塔，并将这四只调皮的家伙打败，送回数码世界。
第四十二话
阿贤与阿和来到墨西哥的一个遗迹，偷偷走了进去。途中遇到拥有矿石兽的女孩，虫虫兽感到阿贤对它的感情会发生动摇。在遗迹深处发现了牛人兽和蜘蛛兽，它们逃走。出来后，兽人加鲁鲁兽、飞虫兽和矿石兽进化的角龙兽将它们击倒，送回了数码世界。莫斯科那边，阿京和阿空由于不会讲俄语，便用食物作为号令来与俄罗斯的小朋友一起作战，战斗完后觉得非常饿。本来俄罗斯的小朋友要请她们吃东西，却因为还有一些长毛象兽没收拾，并且帝皇龙甲兽又赶到，她们要立即回曰本，因此阿京和阿空非常失望。
第四十三话
阿贤睡觉时梦见自己被植入黑暗种子的情景，醒来后就埋怨自己为什么记不起以前的事。女恶魔兽、海魔兽、骷髅撒旦兽（丧尸撒旦兽）出现在现实世界，众小朋友的数码兽与它们苦战。最后，所有完全体数码兽被骷髅撒旦兽打倒，而帝皇龙甲兽也被定住。光子郎明白到亚古兽他们不适应现实世界的生活，于是他们将力量给帝皇龙甲兽后，回到了数码世界。帝皇龙甲兽变身成战士形态，一击打死骷髅撒旦兽。这时，魔皇兽（究极魔兽）出现，但亚基利兽却在所有人的眼皮底下以许多被捉走的小朋友作威胁，带走阿贤。
第四十四话
众人乘阿丈哥哥的车追亚基利兽的车。在那辆车上，阿贤看到他爸爸的同事及川悠纪夫，原来他是亚基利兽和木乃伊兽的创造者，他想将阿贤身上的黑暗种子移植到被捉走的小朋友身上。并且他就是阿贤的哥哥死后发邮件给阿贤的人。人面战鹰兽与女恶魔兽战斗，被打成重伤。阿京为救被女恶魔兽捉住的人而被女恶魔兽攻击，人面战鹰兽为保护阿京而打死女恶魔兽，另一边，古神兽与海魔兽战斗。伊织和阿武到医院救人。古神兽打死了海魔兽。阿京和伊织都很矛盾，因为他们必须面对有思想和生命的数码兽敌人。雷龙兽很快要追上那辆车了，而魔皇兽也出现在那辆车面前……
第四十五话
帝皇龙甲兽战士形态、人面战鹰兽与古神兽与魔皇兽对决，但是根本伤不了他，而且他的攻击杀伤力巨大。大辅他们商量将魔皇兽送回数码世界，但是魔皇兽居然自己能打开数码世界大门，正当大家绝望时，阿贤告诉大家他的暴龙机可以打开黑暗海世界的大门。打开大门的时候，阿贤被黑暗力量攻击，十分痛苦。大家一起握住他的手，支持他。再加上三只数码兽的合力攻击，终于将魔皇兽送到黑暗海世界里，危机又一次过去了。可是黑暗种子已经移植到小朋友身体里了。
第四十六话
被移植了黑暗种子的小朋友智力和体力都有飞跃的提高，但性格却越来越差。青龙兽将能量全给了亚古兽，并告知黑战斗暴龙兽去了现实世界。黑战斗暴龙兽找到及川，用言语激他，使他非常痛苦。正当黑战斗暴龙兽想杀他时，亚古兽WARP进化成战斗暴龙兽阻止他，两兽打起来，战斗暴龙兽不断要求黑战斗暴龙兽停止攻击，但黑战斗暴龙兽不听。最后，帝皇龙甲兽战士形态与战斗暴龙兽一起攻击黑战斗暴龙兽，光子雷射、两个盖亚能量炮碰撞……黑战斗暴龙兽终于被打败，并且通过与亚古兽、V仔兽和虫虫兽的谈话明白了一些东西……
第四十七话
在数码世界里，加布兽他们正努力封印光之丘的数码大门。及川见到伊织，发现他的身份，想起以前的事。原来他和伊织的爸爸是好朋友，他们都相信数码兽的存在，并做过研究。但是伊织的爸爸早死，令他非常悲哀。一位小朋友的黑暗种子发芽开花，及川采集了那朵花，黑暗力量笼罩他的身体。黑战斗暴龙兽再次用言语激他，伊织的爷爷明白了事情的经过，希望成为及川的朋友。及川正想答应，却被黑暗力量所控制，攻击伊织的爷爷，黑战斗暴龙兽奋力挡住。知道自己快死了，黑战斗暴龙兽用意志用自己的身体封印了光之丘的大门，牺牲了。
第四十八话
众人暗中监视被植入黑暗种子的小朋友，他们集中于一个地方。及川出现，他用好象3年前太一他们回到现实世界前用来开门的钥匙卡，打算进入数码世界。大辅他们因为黑战斗暴龙兽已经封印了数码世界大门而并不惊慌。但是及川居然成功打开了大门，并和小朋友们一起进去了。大辅等人非常吃惊，跟了上去。原来他们进的不是数码世界，而是另一个世界。终极吸血魔兽（灭世魔兽、邪恶吸血魔兽）从及川身子里破出，告诉他其实他之前做的事都是终极吸血魔兽在利用他。最后，终极吸血魔兽吸取所有的黑暗之花，现真身。它残忍地杀死了亚基利兽和木乃伊兽。除大辅外，所有被选中的小朋友都被它的残忍所震慑。只有大辅勇敢地站出来，与V仔兽EX一起面对中级吸血魔兽。
第四十九话
由于大辅的勇气，使V仔兽EX的攻击居然对终极吸血魔兽很有效。但它立即使用幻影攻击。所有人都看到令自己很高兴的假象，那些假象都是自己平时所苦恼的东西的反照。但他们后来都明白过来，只有打败终极吸血魔兽，这些一切才能实现。奇迹发生，所有数码兽都可以同时使用武装进化、正常进化、超进化以及合步进化。一连串的攻击将终极吸血魔兽打得奄奄一息。但它后来进入了数码世界，吸取了数码世界的黑暗力量，强大起来，并且打算统一数码世界和现实世界。
第五十话（最终话）
地球正逐渐被黑暗力量侵蚀。大辅他们仍不断地尝试阻止终极吸血魔兽，但每次都被打倒。后来，所有被选中的小朋友的暴龙机的光的力量驱散黑暗，并使他们的数码兽进入数码世界。终极吸血魔兽的力量被削弱，但是被植入黑暗种子的小朋友泄气的话却又让黑暗力量有机可乘。大辅他们用真心的话让他们明白只要相信有实现梦想的力量，梦想一定会实现。最后，他们也有了数码兽搭档了。最后，帝皇龙甲兽战士形态用超级死亡彻底打败终极吸血魔兽。及川就要死了，他却遇上自己的数码兽搭档，使他非常感动。他用信念牺牲自己修复了数码世界。二十五年过去了，数码世界已经与现实世界密不可分了。每个小朋友都有自己的数码兽搭档，能与他们一起去冒险了！（完）
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