南通大学的专业主要有：
医学影像学、自动化、通信工程、软件工程、口腔医学、电子科学与技术、环境工程、非织造材料与工程、化学工程与工艺、集成电路设计与集成系统、建筑电气与智能化、轻化工程、电气工程及其自动化、纺织工程、交通设备与控制工程。
网络工程、交通运输、服装设计与工程、交通工程、机械电子工程、电子信息科学与技术、机械工程、高分子材料与工程、工业设计、电子信息工程、测控技术与仪器、光电信息科学与工程。历史学、计算机科学与技术、预防医学、建筑学、临床医学、土木工程、生物医学工程、市场营销、体育教育、应用物理学。
自然地理与资源环境、电气工程与智能控制、环境科学、会计学、康复治疗学、商务英语、生物科学、国际经济与贸易、旅游管理、翻译、生物信息学、汉语言文学、工商管理、地理科学、英语、电子商务、物流管理、日语、思想政治教育、人文地理与城乡规划、人力资源管理、汉语国际教育、应用心理学。
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