在推动洞庭湖的综合治理过程中，实现水资源的统一管理是关键步骤。水行政管理部门需依据水功能区划，设定明确的水质管理目标，逐步实施严格的管理措施，明确各水域的纳污能力。为此，他们将制定水资源保护规划，设立污染物排放总量控制方案，以确保洞庭湖的水资源得到合理利用和有效保护。
市场机制在水资源配置中扮演着重要角色，通过经济手段推动节水，优化资源配置，防止由于过度利用导致的水环境恶化和生态破坏。为此，将制定洞庭湖的水资源利用规划，建立用水权交易市场，实行有偿转让，以此推动节水型社会的建设，提升水资源利用效率，改善生态环境，增强区域的可持续发展能力。
当前，洞庭湖湿地萎缩、水质问题引起广泛关注，改善水环境成为未来治理的新挑战。利用三峡工程的生态效益，通过江、河、湖、库的联合调度，确保湖泊生态和环境净化所需的最小水量，强化人工干预河流，维持生态流量，维护河流和湖泊的健康。同时，实施湿地保护工程，加强水生态系统的保护，加快水利血防设施的建设，共同致力于洞庭湖的全面恢复与可持续发展。
2007年04月月15日，以“长江与洞庭湖”为主题的第二届长江论坛在长沙开幕。来自国内外的众多嘉宾和代表汇聚长沙，共商长江与洞庭湖治理保护大计，这将对维护健康长江起到重要的促进作用，意义十分重大。全国人大常委会副委员长蒋正华发表讲话，水利部部长汪恕诚、国家环保总局副局长李干杰、国家林业局副局长祝列克分别在开幕式上致辞，第二届长江论坛组委会主席、湖南省委副书记、省长周强致开幕词，长江水利委员会主任蔡其华主持开幕式。