雅克索尼埃是郇山隐修会的首领，因而知道“拱心石”的秘密，即拱心石能依次揭示圣杯藏匿的位置，并且他握有那些将动摇基督教和天主教会的根基的文件。“导师”杀死他就是为了要迫使他供出情报以便消灭郇山隐修会的其他高级成员。 索菲纳芙与祖父中断联系的原因是，在一次学校放假时她本来想给祖父来个惊喜的突然造访，却目睹了祖父正在
诺曼底家中参与一个异教的性仪式（圣婚，Hieros Gamos）。 索尼埃（Saunière）临死前用隐写笔写在地上的讯息中还有“P.S: 去找罗伯特兰登”。这是贝祖法希怀疑兰登是凶手的原因。法希在兰登到达之前擦掉了此行，以使兰登不知道警察怀疑他。出于偶然，警察把讯息传真到 索菲纳芙的办公室时，索菲看到了讯息的完整内容。她立刻意识到这个讯息其实是写给她的，因为在她小时候她祖父叫她“索菲公主”（Princesse Sophie，字头缩写就是“P.S.”）。由此她也明白了兰登是清白的。在和兰登同在卢浮宫时，她让兰登打电话给她的私人语音信箱并听她在里面给兰登的留言，从而暗中把这点告诉了兰登。 “P.S.”的写法，对一般人来说，是用于书信中很常见的“附言”（Post Script）一词的缩写；然而对索菲纳芙来说，这却是祖父索尼埃对她的爱称“索菲公主”（Princesse Sophie）的缩写，这也是因为索尼埃清楚索菲是法国墨洛温王朝的后裔，所以称她为公主。所以贝祖法希完全没有意识到这个缩写在索尼埃神父的讯息中的真实含义，而索菲纳芙却清楚地明白了“去找罗伯特兰登”那行字是 祖父写给自己的遗言。此外，索尼埃保藏的保险箱钥匙上雕有郇山隐修会（Priory of Sion）的缩写，也是P.S.。 索尼埃的血书的其它三行那些看似为僧侣的祷告的文字，其实是用打乱字母的拼写顺序的方式而隐藏了一些真实的线索（参看易位构词游戏）。第一行是被一组打乱了次序的斐波那契数。第二行“O, draconian devil!”和第三行“Oh, lame saint!”的真实内容则分别是“Leonardo da Vinci”（列奥纳多
达芬奇）和英语的“The Mona Lisa”（
蒙娜丽莎）。这些线索的真实含义可以导引出第二组线索。在油画蒙娜丽莎外面的玻璃上，索尼埃用卢浮宫博物馆馆长的隐写笔写下了只能在紫外线照射下才能看到的讯息“So dark the con of Man”（男人的欺骗如此黑暗）。第二条线索则是挂在附近的达芬奇的另一幅油画
《岩间圣母》（Madonna of the Rocks，藏于卢浮宫；该作品后经重画，叫The Virgin of the Rocks，藏于伦敦国立美术馆）。在这张画背后索尼埃藏了一把钥匙，并用馆长的隐写笔在钥匙上写了一个地址。 这把钥匙能打开苏黎世存托银行巴黎分行的一个保险箱。索尼埃在银行的帐户号码是按正确顺序排列的那些
斐波那契数列。 索尼埃在枪口下告诉赛拉斯的那些指示实际上是一个精心编排的骗局，他告诉赛拉斯拱心石埋在巴黎圣苏比教堂（Saint-Sulpice）里精确地位于古“罗斯经线”（Rose Line，在将本初子午线重新定义为穿过格林威治天文台之前，曾将零度经线定义为穿过巴黎，罗斯经线指的就是这条旧的本初子午线）上的一个方尖碑的下面。而实际上，方尖碑下的讯息只是简单地包含了一条对圣经约伯记中“你只可到此，切莫前行”（Hitherto shalt thou go and no further，见旧约〈伯〉38:11）一段文字的引用。赛拉斯读到了这句时才明白自己上当了。 拱心石实际上是个藏密筒（cryptex，由cryptology和codex两词组合而来），这是种由列奥纳多达芬奇发明的用来传递保密信息的圆柱形设备，要将它上面的可旋转的部件（暂且叫它密码轮）按正确的顺序组合才能打开它，如果用暴力打开它，里面装的一瓶醋就会破裂，而把里有写重要讯息的莎草纸给溶解。装着拱心石的红木箱含有打开拱心石需要的密码轮的正确组合顺序的线索，用与达芬奇日记一样的方式，这些线索是用反写的手写体写出的。在乘提宾的飞机逃往英格兰时，兰登解开了谜题，他发现了密码轮的正确组合应该是“S-O-F-I-A”，即索菲名字在古希腊语中的写法，这个词也有“智慧”的意思。 拱心石藏密筒里实际装着一个小一点的、装有揭示密码轮组合第二道谜题的藏密筒。这个谜题说要找到“由一位教皇主持葬礼的爵士”（a knight a pope interred，注意“a pope”对解谜的正确理解不应是“一位教皇”，而应是表示“亚历山大蒲柏”，按一般的人名写法即“A. Pope”）的墓上的球状物，里面说的并非是一位中世纪的爵士，而是指由亚历山大蒲柏主持葬在西敏寺的伊萨克
牛顿爵士，那个墓上有一个巨大的球状雕塑，却不是拱心石中的谜语所说的东西，拱心石中的谜语真正指的是引导牛顿发现了万有引力定律的苹果所代表的球状物，谜语认为这个苹果“本应在坟墓之中”（然而这个意义重大的苹果实际上却没有出现在牛顿墓上），因此第二个藏密筒的密码轮组合应该是“A-P-P-L-E”，即苹果。 “导师”的真实身份实际就是雷提宾爵士。他知道郇山隐修会的领袖们的身份，并对他们的办公室进行窃听。雷米是他的协从。用伪装的法国口音和阿林 加洛沙主教联系的就是提宾，这是为了掩藏他的真实身份，并哄骗阿林加洛沙资助寻找圣杯的计划。提宾从来没打算把圣杯交给阿林加洛沙，而仅仅是想利用主业会 的决心来找到圣杯。然而他相信郇山隐修会将会背弃将圣杯的秘密在约定时间公诸于世的誓约，因而他计划偷取那些圣杯文件后自己向世人公开它们。是他通知赛拉 斯说兰登和索菲纳芙在他的城堡里。他没有从兰登和索菲那里拿拱心石是因为他不想对他们暴露自己的身份。他原本计划让赛拉斯闯进自己家里并拿到拱心石，但 警察跟踪了兰登偷来的卡车上GPS设 备并听到赛拉斯开枪而到提宾家搜查时，提宾的计划落空了。提宾把纳芙和兰登带到伦敦的圣殿教堂是因为他很清楚这是个死胡同；他和雷米一起上演那出人质戏是 为了不暴露出真实阴谋地得到拱心石。和雷米一起在那辆豪华车里时赛拉斯接到的电话实际上也是藏在轿车后面的提宾悄悄打来的。 为了灭口，提宾让雷米喝下了加了花生粉的科纳克白兰地，除掉了雷米，因为他知道雷米对花生有致命的过敏反应。提宾将赛拉斯藏在主业会伦敦总部的消息匿名举报给警方。 在西敏寺里向提宾摊牌时，在当着提宾的面毁掉第二个藏密筒之前，兰登已先将它偷偷打开，并拿出了里面的东西。正当提宾在徒劳地求兰登说出第二个藏密筒中的内容以及圣杯的秘密存放地点的时候，警察赶来逮捕并押走了提宾。 阿林加洛沙主教和赛拉斯两人相信，他们是在拯救教会，而不是在毁掉它。 在提宾城堡的马房里发现了窃听设备后，贝祖法希明白了纳芙和兰登是无辜的。 在主业会伦敦总部外面，正在逃避警方追捕的赛拉斯意外地射中了阿林加洛沙。在明白了自己受到欺骗而犯下的可怕错误之后，阿林加洛沙请贝祖法希将自己公文包里的息票债券交给被杀害的郇山隐修会领袖们的家属，作为良心上的一点补偿。赛拉斯则因中枪而死。 第二个拱心石里包含的最后讯息实际并没有指示出罗丝林礼拜堂，尽管事实上圣杯曾经被埋在那里的地板上的大卫星图案下面（组成大卫星的两个连锁三角形表示的是“剑锋”和“餐杯”，即男性和女性的象征）。 罗丝林礼拜堂的导游是索菲长期失去联系的弟弟。 罗丝林礼拜堂的守护人是索菲长期失去联系的祖母，也就是雅克索尼埃的妻子。 尽管郇山隐修会所有的四位领袖都被杀害，秘密也没有就此失传，因为还有一个（未写明的）会保证该组织及其秘密存活的应变方案。 最后一条讯息的真实含义是圣杯被埋在卢浮宫的“倒置的”玻璃金字塔（即象征女性的“餐杯”）正下方的小金字塔形建筑的下面（即象征男性的“剑锋”，卢浮宫里的这两个金字塔形建筑的相对位置和构成大卫星的两个三角形的相对方式有些类似），有点讽刺的是在兰登和索菲最初从贝祖法希手里逃跑时差点摔进那个玻璃金字塔里。 在小说最后，罗伯特兰登和索菲纳芙相爱，他们商量好在佛罗伦萨相会。