1、就业不同：商务英语主要面向外向型现代商务管理工作岗位。而应用英语既可以在教育部门从事英语教学工作，也可以在政府、企业单位就职。
2、内容不同：应用英语开设的课程中包含商务英语，涉及的课程较多，而商务英语主要是商务和英语的结合，英语的比重约为40%，英语的语言水平是商务英语的基本要求。
3、培养目标不同：商务英语专业主要培养具有扎实的英语语言基础、系统的国际商务管理理论知识、较强的实践技能，能在外贸、外事、文化、新闻出版、教育、科研、旅游等部门从事翻译、管理、教学、研究等工作的高级英语专门人才。
应用英语专业面向涉外服务行业，服务于外资、合资企业、商贸企业、涉外酒店等涉外部门一线岗位，培养德、智、体、美全面发展，心理健康，掌握应用英语(涉外文秘、外事英语方向)必备的英语基础知识。
以上内容参考 百度百科-商务英语
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