国家科委已于1993年12月24日发布了《基因工程安全管理办法》，要求转基因生物释放之前必须进行安全性评估。根据这一原则，农业部在1996年7月颁布了《农业生物基因工程安全管理实施办法》。
按照本办法规定，农业部设立了农业生物基因工程安全管理办公室，并成立了农业生物基因工程安全委员会，负责全国农业生物遗传工程体及其产品的中间试验、环境释放和商品化生产的安全性评价。从1997年开始，农业部的安全委员会每年受理两次申请。2001年5月9日，国务院颁布实施了《农业转基因生物安全管理条例》。
2002年1月5日农业部第8号令发布了《农业转基因生物安全评价管理办法》，按照对人类、动植物、微生物和生态环境的危险程度，将农业转基因生物分为以下四个等级：安全等级I：尚不存在危险；安全等级Ⅱ：具有低度危险；安全等级Ⅲ：具有中度危险；安全等级Ⅳ：具有高度危险。同时发布了第9、10号令《农业转基因生物进口安全管理办法》、《农业转基因生物标识安全管理办法》，对进口转基因农产品进行安全管理，并规定今后农业转基因生物必须按规定进行标识。
首批标识的转基因生物有五类：一类包括大豆种子、大豆、大豆粉、大豆油、豆粕；二类包括玉米种子、玉米、玉米油、玉米粉；三类包括油菜种子、油菜籽、油菜籽油、油菜籽粕；四类为棉花种子；五类包括番茄种子、鲜番茄、番茄酱。目前，农业部已批准转Bt基因抗虫棉，反义RNA技术延熟番茄、改变花色的矮牵牛、抗病毒的甜椒和番茄的商品化生产。