任何水果种植的风险无疑来源于两个方面，一是市场风险，二是灾害风险。
前者自是不用说，行情不景气，有货难卖，而鲜食水果本身不耐贮，风险性也随之上升；灾害风险则包括气象灾害等环境胁迫与病虫侵害的生物胁迫。
脐橙因果皮易剥，多闭脐，果肉橙黄，柔软多汁，细嫩化渣，深受消费者喜爱，早期是走高端市场的，2000年时曾卖到7元/斤的高价，后来随着产量剧增，价格持续下探，2013年跌至1元/斤，近些年稍有回暖，稳定在3.5元/斤左右。
上表为历年赣南脐橙产业发展相关的经济数据，可以看出，影响脐橙价格最大的因素还是在供求关系，而就产量来说基本是呈线性增长趋势，在这种大环境下，种植脐橙若是没理清楚销售这一环，风险必然很高。
据了解，目前除少量果农的脐橙被一些厂商提前预定或集中收购外，绝大部分果农既要当生产者又要当销售者，销售体现并不完善，光等果商上门来收稍显被动。有能力的果农或可借助互联网如直播、自媒体等带动营销，不过更良性的方式应该是有相应组织将零散果农与市场链接起来，统一调度，共同进退。
气象灾害包括高温、干旱、暴雨、低温、霜冻等，这里顺着物候期来简单介绍一下。
花蕾期倒春寒：会造成果树顶端大量嫩梢、花蕾枯萎后死亡或者凋落。如遇倒春寒，需做好防冻措施，如提前喷布磷钾源库、海精灵叶面肥等提升树液浓度，增强抗冻能力；摘除部分营养枝叶片，让养分集中于结果枝条；撒施草木灰等。
花期阴雨&高温：花期遇阴雨或高温均会影响开花坐果，造成坐果率偏低。阴雨天注意摇花防灰霉，开沟排水，抢晴喷海精灵叶面肥+硼源库+赤霉素保果；高温注意喷水降温，保果药同上。
膨果期伏旱或暴雨：会影响膨果及加重生理病害如裂果的发生，需做好水分的管控，注意长期干旱勿灌猛水，同样会造成裂果。同时注意补充钙、镁、硼等元素，对果实品质的形成及灼、裂、脐黄等有预防效果。
冬季低温冻害：脐橙不耐寒，冬季遇低温易发生冻害，可通过冬灌、下冬肥、叶喷磷钾源库、熏烟等减轻冻害的发生。
柑橘虫害上比较相仿，但在病害上却有抗/感之分，如脐橙就对溃疡病、炭疽病等高感，要注意防控，由于网上资料较多，这里不做详谈。
一是脐橙滞销的问题。这个涉及市场行情的问题，市场供需发生变化，有可能出现脐橙滞销的风险。随着种植面积、产量的逐步扩大，脐橙滞销的可能性也比较大。比如2008年前后几年，脐橙销售市场低迷，很多种植户出现亏损现象。不过2015年以来，脐橙市场还比较好，农民收益颇丰。
二是病虫害蔓延的风险。随着气候、环境等各方面因素影响，脐橙种植中，病虫害的防控难度、危害程度越来越大，特别是一些疑难杂症严重威胁脐橙种植的安全，比较严重的比如黄龙病、溃疡病等，对脐橙种植带来不小的风险隐患，很多柑农也是忧心忡忡，一旦染病，将是毁灭性的损失。
三是极端天气的风险。印象最深的就是2008年的冰冻天气，导致很多脐橙产地损失严重，不仅果实受损，果树也冻死不少。