武汉大学的樱花没有百年历史，1939年春之前，武汉大学校园内并没有樱花。这之后，侵华日军从本国运来樱花树苗，在武大珞珈山校园里种下了象征国耻的、最早的一批樱花树。
1973年，有关部门将日本友人赠送给周恩来总理的20颗“山樱花”（又名“福岛樱”、“青肤樱”等，原产于我国长江流域）转赠武大，由学校栽植于珞珈山北麓的半山庐前。1989年春，武汉大学还从东湖磨山植物园引进了原产于我国云南的“红花高盆樱”16株，栽植在校医院旁。
1992年，在纪念中日友好20周年之际，日本对华友好人士赠送“日本樱花”树苗约200株，栽植于人文科学馆东面的八区苗圃。武大校内樱花约1000多株，以日本樱花、山樱花、垂枝大叶早樱和红花高盆樱4种为主。这些花既有侵华日军当年所留下的“国耻之花”，也有中日恢复邦交后由日本友人多次赠送的“友谊之花”。
提起武大樱花最初的来历，这里面还有一段曲折的历史往事，它记载了一段令人辛酸的国耻。20世纪30年代，初创的国立武汉大学在珞珈山大兴土木，辟山建校，逐渐将这片原本乱石丛生、坟冢遍地的荒山野岭，变成了世界上最美丽的大学校园。经过9年的植树造林，珞珈山林木葱茏，花丛掩映，成为华中最好的植物园，被郭沫若盛赞为武汉三镇的“物外桃源”。然而，正当武大的发展势头蒸蒸日上之时，日寇悍然发动全面侵华战争，中国军队节节败退，半壁河山很快沦于敌手。至1938年初，武汉形势吃紧，武汉大学亦是岌岌可危。这时，郭沫若来到武汉开展抗日宣传工作，并于4月底住进了珞珈山。而在此时，为了躲避战火，武大正在举校西迁到他的家乡——四川乐山。10月底，武汉三镇沦陷，武大珞珈山校园亦遭日军侵占。
后来，郭沫若在其回忆录《洪波曲》中写道：“在这大学区域还有最好的防空设备，有因山凿成的防空洞，既深且大，也有高射炮阵地环列在四周。但却不曾遭受过一次轰炸。敌人是应该知道这儿是做着军官训练团的，有高级的人员集中着，但它却从不曾投过一次弹，尽管对于武昌城是炸得那样频繁，而每次敌机的航路又都要经过这大学区的上空。
“我们在当时是作着这样的揣测：无疑敌人是爱惜这个地方，想完整地保留下来让自己来享福。
“这揣测，后来是猜中了。敌人占领了武汉之后，把大学区作为了它的司令部。”
而事实也正是如此，1938年10月24日，在日军攻占武汉前夜，九江的日寇华中派遣军前方指挥所畑俊六(甲级战犯，战后被判处死刑)向所属部队下达了进占武汉及入城后的注意事项，其中第11项规定：“须保护汉口、汉阳、武昌的建筑物、庙宇、大学、图书馆、博物馆(见附表所列)。”在这张附表中，“武汉大学”的名字赫然入列。第12项又指出：“武汉有各国租界及使馆，本军一举一动世界瞩目，因此正是以实际行动宣扬皇威，使其理解皇军真姿的绝好时机，所以每人对此务须慎戒，且鉴于过去之教训，防止因日久而松懈。再，武汉为本军今后长驻和作战之基地，一切建筑、设施，严禁破坏。”由此可见，慑于由诸如南京大屠杀等“过去之教训”所激起的国际舆论的巨大压力，日军在侵占武汉之后，没有进行过类似的大规模屠杀行为;而出于自行享用之目的，日军果然将武汉大学珞珈山校园辟为其中原司令部。
早在1938年7月，当武大校长王星拱和迁校委员会委员长杨端六率领最后一批师生离开珞珈山前夕，曾委托以汤子炳(又名汤商皓)先生为首的五位教职工留守护校。汤商皓1934年毕业于武汉大学经济系，后东渡日本留学深造;1937年抗战爆发后，携其日本夫人铃木光子回国，并返校任教;抗战胜利后去台湾参加接收工作，后又辗转任教于台北各大专院校;1979年赴美国定居，1997年去世。1985年5月，汤老回到阔别多年的珞珈山母校参观访问，其间负责接待的校友总会刘以刚老师，曾委托当时一道陪同的、汤老当年的同窗学友张培刚先生问及武大校园内樱花树的来历，并请求汤先生将此事写成文章。汤先生回美国数月后，寄来一篇《1985年回国重游珞珈母校武大忆往感怀记》，详细叙述了这段历史，以当事人对自己亲身经历的珍贵回忆材料，弥补了抗战期间珞珈山这段史实的不足。
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