主管部门和主控部门的区别：
主管部门针对现阶段而言比自己所在部门高一级的有直接管理权的部门，通常是以“块状为主”，所涉及的是矩阵式的管理，比如县长对财政局的管理。
主控部门主要说的是业务上的，通常是以“条状为主”，所涉及的主要是
垂直管理，比如公安局和派出所的关系。
主管单位的职责：
根据国务院《
民办非企业单位登记管理暂行条例》第五条、第二十条规定，市、县（区）人民政府的有关部门、人民政府授权的组织是有关行业、业务范围内民办非企业单位的业务主管单位，履行下列监督管理职责：
（一）负责民办非企业单位成立、变更、注销登记前的审查；
（二）监督、指导民办非企业单位遵守宪法、法律、法规和国家政策，按照章程开展活动；
（三）负责民办非企业单位年度检查的初审；
（四）协助登记管理机关和其他有关部门查处民办非企业单位的
违法行为；
（五）会同有关机关指导民办非企业单位的清算事宜及善后工作。