可门港区位于罗源湾的入海口可门头之内，罗源湾海域面积的三分之二属连江可门港。可门港具有深水、避风、避浪、规模大、锚地大、航道宽且顺直的特点，是福州港国际集装箱和大型散杂货、大型矿建、能源运输的主要港区，是全国少有的天然深水港湾。2002年，经交通部、省政府联合审查，将罗源湾可门港区规划纳入《福州港总体规划》，并已把罗源湾南岸可门港作为福州外海深水港，定位为国际集装箱和散杂货运输为主的多功能综合性深水港区、福建省及省外腹地外贸物资运输的重要口岸、福建对台“三通”的重要通道。根据规划，可门港区近期可供开发建设用地面积63平方公里，远期100平方公里，并将生活区规划在官岭一带，延伸至城关。岸线总长约30公里（新辉至浮曦），南岸线约9.4公里，可建码头38个，其中万吨级以上26个，西岸线约18.9公里，可建码头50 个，其中可建5万吨级集装箱码头泊位25个。其后方4万亩多的大官坂垦区及广阔的马透平原具备承接石油、化工、钢铁、电力等大型临海工业和物流企业的天然优势，是福建省未来发展大型临港工业的首选地。目前，先期落地的中国华电可门火电厂5万吨煤码头和1万吨重件码头已经建投运，华电储运、可门港物流有限公司通用码头、恒联公司码头、兴博公司码头等多个万吨以上码头陆续开工建设。
琯头粗芦岛港区位于闽江口南岸，闽江口入海处，四面环海。陆域宽广，掩护条件好，波浪小，泊稳条件好，可满足集装箱船舶的泊稳要求。港区距104 国道6.5公里，目前长门与粗芦岛相连的粗芦大桥即将竣工通车，建成后可直接利用省道201线作为疏港大道。港区至沈海高速公路琯头互通口仅8公里。目前，粗芦岛港区可利用岸线6公里，可规划布置第三代集装箱泊位9个（5万吨）和5万吨级干散货泊位4个，是福州马尾港向闽江口拓展的理想选择地。根据专家建议，在粗芦岛至川石岛之间筑连岛人工海岸建设深水泊位。连岛工程修建后将起封堵熨斗水道的作用，把汊道的水流集中于川石主航道上，增加主航道的水流动力，冲刷航道，航道水深可达到12米以上，连岛工程结合航道、港池疏浚，可吹沙造陆4平方公里，提供港区建设用地。
