1876-1902
米德尔斯堡足球俱乐部是由一群米德尔斯堡木球俱乐部的会员在1876年所建立。足球是作为木球员在冬天休季时保持状态的运动，由木球俱乐部组织的足球俱乐部在当时十分普遍。
1889年部份会员脱离足球俱乐部成立一支名为米德尔斯堡艾仁路波里斯（Middlesbrough Ironopolis）的职业球队，米德尔斯堡亦一度转为职业，但在1892年恢复业余身份。
1893年米德尔斯堡取得北部联赛（Northern League）冠军。1895年更赢取北部联赛及业余杯（Amateur Cup）双料冠军。1897年再夺北部联赛冠军。1898年第二次获得业余杯冠军。
最终在1899年5月19日正式加入足球联盟，参加乙组联赛。1902年米德尔斯堡全季只失24球（球会纪录）获升甲组。 1903-二次大战
1905年米德尔斯堡以1,000英镑签入中锋阿尔夫·甘文（Alf Common），成为首个四位数字的转会费。1914年取得甲组历来最佳成绩--季军。
1924年不幸降级乙组。1927年在新领队彼得·麦克威廉（Peter McWilliam）带领下夺得乙组冠军，乔治·卡姆塞尔（George Camsell）射入59球成乙组射球记录，全队共入122球，回升甲组。此后米德尔斯堡不断在甲乙组之间浮沉。 1945-1993
1949年米德尔斯堡以首个五位数字转会费从纽卡斯尔买入安迪·当奴臣（Andy Donaldson），再创新记录。
从1954年起米德尔斯堡开始沈沦，首先降落乙组，结束25年的甲组生涯，更于1966年首次降级丙组。同年米德尔斯堡的主场艾雅苏美公园球场（Ayresome Park）成为英格兰世界杯决赛周分组赛球场之一，举行包括苏联、意大利、北朝鲜及智利的D组赛事。幸好在翌年丙组最后一轮比赛以4-1打败牛津联，得以回升乙组。
1974年，前英格兰国脚，世界杯冠军成员之一杰克·查尔顿（Jack Charlton）接任领队，首季即以破记录的65分夺得乙组联赛冠军，重回甲组。1976年米德尔斯堡赢得英苏杯（Anglo-Scottish Cup），但于联赛杯以两回合累计1-4被曼城在四强淘汰出局。随着1977年足总杯八强以0-2负于利物浦后，查尔顿辞职，由约翰·尼路（John Neal）接手。
1979年大卫·米尔斯（David Mills）以破记录的50万英镑转会西布朗。1982年米德尔斯堡再次降级乙组。1980年代开始，米德尔斯堡遇上财政危机，1986年布鲁斯·李奥治（Bruce Rioch）接任领队，但球队在最后一轮比赛输给什鲁斯伯里（Shrewsbury）而需降级丙组，同年7月因庞大的债务更遭清盘的命运，最终得到一个包括本地提塞德（Teesside）商人史提夫·吉布森（Steve Gibson）在内的财团注资，球队终于渡过难关。吉布森是米德尔斯堡的长期球迷及一家名为布克荷尔（Bulkhaul Limited）的运输公司创办人。
1986年李奥治起用大批本地有潜质的新人，成功带队升上乙组，当时的新星有汤姆·莫贝利（Tom Mowbray）、加里·帕里斯特（Gary Pallister）、斯图尔特·里普雷（Stuart Ripley）以及科林·库珀（Colin Cooper）等。米德尔斯堡于接着的1987/88年球季在附加赛中先后击败布拉德福德城（Bradford City）及切尔西，再次升上甲组。
成功并不持久，一季后米德尔斯堡又再次降班，帕里斯特以230万英镑破英格兰转会费纪录加盟曼联。不久李奥治被撤职而由助手科林·陶德（Colin Todd）补上，在1990年带领球队杀入ZDS杯（Zenith Data Systems Cup）决赛，首次踏足温布利大球场比赛，但以0-1败于切尔西屈居亚军。次年科林·陶德因在附加赛首轮落败而引咎辞职。列尼·劳伦斯（Lennie Lawrence）接任领队，在他两年任期内，于1992/93年球季升上超级联赛成为创季成员之一，但他们在英超首年即告降班。他亦引咎辞职 1994-2000
在1994/95年球季，吉布森成为米德尔斯堡主席，委任当时曼联的“神奇队长”布赖恩·罗布森为领队兼球员，米德尔斯堡在1995年以甲组冠军身份重返超级联赛。同年正式迁入新落成3万座位的河畔球场（Riverside Stadium），为米德尔斯堡球会揭开新的一页。主席吉布森大洒金钱，先后以破球会纪录转会费525万英镑罗致英格兰国脚尼克·巴姆比（Nick Barmby）及从巴西圣保罗收购儒尼尼奥（Juninho），阵容之强足以与顶级强队一较高下，在首季以13名完成整季赛事。 1996/97年球季可说是米德尔斯堡大起大落的球季，季前先后有艾默森（Emerson Moisés Costa）、拉瓦内利（Fabrizio Ravanelli）及贝克（Mikkel Beck）等人加盟，但巴姆比在10月以575万英镑改投埃弗顿。但因伤病问题及赛程过密，不单令米德尔斯堡在两场杯赛决赛落败，联赛杯决赛重赛加时后以0-1负于莱斯特城及足总杯决赛以0-2负于切尔西，联赛最终更以第19位降落甲组，球星四散，拉瓦内利转会马赛，艾默森转会西班牙特内里费（CD Tenerife），而儒尼尼奥则以1,200万英镑破球会转会费纪录加盟马德里竞技。
1998年在甲组作赛期间，笠臣意识到球队需要一些富经验的球员，故先后收购保罗·莫森（Paul Merson）、安迪·汤森德（Andy Townsend）及加斯科因（Paul Gascoigne）等。米德尔斯堡再晋联赛杯决赛，再次在加时下负切尔西0-2，连续在三次杯赛决赛失利。幸好联赛在最后一轮比赛中主场以4-1击败牛津联，以甲组第二名资格迅速重返英超。河畔球场扩建至可容35,000人。
1999年米德尔斯堡重返英超后，以第九名完成球季。同年球会位于达灵顿（Darlington）附近乐利夫公园（Rockliffe Park）造价达700万镑的训练场馆揭幕。2000年米德尔斯堡一度陷于降级危机，幸得前英格兰国家队领队特里·维纳布尔斯（Terry Venables）拔刀相助，成功协助罗布森保著甲组席位。 2001-现在
米德尔斯堡成绩始终有欠稳定，2001年吉布森找到曼联的副领队麦卡伦接替罗布森的职务，首先从阿斯顿维拉用6百万镑购得加雷斯·索斯盖特（Gareth Southgate）。成绩稳步上扬，麦卡伦不断招兵买马，先后有马卡罗尼（Massimo Maccarone）、博阿滕（George Boateng）、基祖（Franck Queudrue）及格雷米（Geremi）加盟，而儒尼尼奥亦从马德里竞技回窠，在2003/04年再加入门迭塔（Gaizka Mendieta）、岑登（Bolo Zenden）及丹尼·米尔斯（Danny Mills）。麦卡伦终于带领球队于2004年2月29日在千禧球场（Millennium Stadium）联赛杯决赛以2比1击败博尔顿，拿下球会128年历史上首项锦标。2004年夏季麦卡伦再增强实力以应付欧洲足协杯的挑战，签入米歇尔·雷齐格（Michael Reiziger）、维杜卡（Mark Viduka）、哈塞尔巴因克（Jimmy Floyd Hasselbaink）及雷·帕洛尔（Ray Parlour）。米德尔斯堡在欧洲足协杯外围赛两回合合计4-1淘汰捷克的俄斯特拉发班尼克（Banik Ostrava）而进入分组赛，最终达到八强才被淘汰。 米德尔斯堡成绩始终有欠稳定，2001年吉布森找到曼联的副教练麦克拉伦当任新的主教练，首先从阿斯顿维拉用6百万镑购得修夫基（Gareth Southgate）。成绩稳步上扬，麦克拉伦不断招兵买马，先后有马卡朗尼（Massimo Maccarone）、博阿腾（George Boateng）、基祖（Franck Queudrue）和杰瑞米（Geremi）加盟，而袓连奴亦从马德里竞技租借回归，在2003/04年再加入门迪达（Gaizka Mendieta）、 辛顿（Bolo Zenden）及麦尔斯（Danny Mills）。麦卡伦终于带领球队于2004年2月29日在千禧球场（Millennium Stadium）联赛杯决赛以2比1击败保顿，拿下球会128年历史上首项锦标。
2004年夏季麦克拉伦再增强实力以应付欧洲足协杯的挑战，签入列斯加（Michael Reiziger）、维杜卡（Mark Viduka）、哈索宾基（Jimmy Floyd Hasselbaink）及柏鲁尔（Ray Parlour）。米德尔斯堡在欧洲足协杯外围赛两回合合计4-1淘汰捷克的奥斯特拉瓦（Banik Ostrava）而进入分组赛，最终进入到八强才被淘汰。
2006年，麦克拉伦带领米德尔斯堡再次挑战欧洲联盟杯，并创下球会史上欧洲赛最佳成绩，先后淘汰罗马、巴塞尔及布加勒斯特星队等强敌，打入决赛，最后以0-4败给西班牙球队塞维利亚脚下，夺得亚军。 2005/06年赛季结束后，麦克拉伦被任命为英格兰国家足球队领队，离开任教五年的米德尔斯堡。米德尔斯堡委任当时还是米德尔斯堡球员身份，年仅35岁的索斯盖特为新领队。
索斯盖特头两季带领的米德尔斯堡以英超中游位置完成球季，取不到任何国内锦标及参予欧洲联赛的资格。至2008/09年球季，米德尔斯堡只取得倒数第二名，结果结束了连续十一年的英超生涯，于2009/10球季降落英冠比赛。领队索斯盖特也在2009年10月被辞退，由戈登·斯特拉坎继任领队一职，但米德尔斯堡在他领军后成绩不升反跌，最后在2009/10球季错失返回英超机会，至2010/11年球季，米德尔斯堡一度位列英冠第二十名，结果被辞退，改由托尼莫布雷担任领队一职。
