在职研究生单证和双证的区别有入学方式不同、报考条件不同、报考流程不同、学费不同、上课方式不同、所获证书不同。
一、入学方式不同
单证在职研究生：免试入学（先入学后考试），单证在职研究生主要是指同等学力申硕，学员可先报名参加申硕课程班的学习，课程学习完成后，符合条件者即可参加全国统一的申硕考试。该考试共考两门科目，单科满分为60分，学员单科成绩达60分及以上就可通过。
双证在职研究生：统考入学（先考试后入学），双证在职研究生主要是指非全日制研究生，学员需要参加全国统一的研究生入学考试和院校的复试才可入学。该考试难度较大，需要学员认真准备。
二、报考条件不同
单证在职研究生：分为课程班报名和申硕考试报名。大专及以上学历就可以报名参加课程班的学习；本科学历毕业满三年、已获博士、硕士学位者才可以参加申硕考试。
双证在职研究生：分为非管理类专业和管理类专业。本科应届毕业生、专生科毕业两年、已获博士、硕士学位者可以报考双证在职研究生的非管理类专业；报考工商管理、公共管理等管理类硕士的人员，需达到专业毕业有5年及以上工作经验、或本科毕业有3年及以上工作经验、或已获硕士学位或博士学位并有2年以上工作经验的要求。
三、报考流程不同
单证在职研究生：报考单证在职研究生的学员需先完成专业课程的学习。学员可登录在职研究生招生信息网进行课程班的报名，随后在每年5月参加申硕考试（注：因疫情影响，2020年申硕考试时间调整为11月1日）。
双证在职研究生：报考双证在职研究生的学员需要在每年9-10月登录研招网进行初试报名，然后在12月进行考试。初试分数线符合国家和院校录取线的学员才可以参加院校复试，最后被择优录取。
四、学费不同
单证在职研究生的学费区间为：1.2万元-5.7万元；双证在职研究的的学费区间为1.8万元-26万元。双证在职研究生的招生专业涵盖一些管理类专业，故学费区间较大。
五、上课方式不同
单证在职研究生：学员可通过网络班、周末班或集中班进行上课学习；双证在职研究生：目前只开设了集中班和周末班。
六、所获证书不同
单证在职研究生：毕业后可获得硕士学位证书；双证在职研究生：毕业后可获得硕士学位证书和硕士学历证书，即双证。
历年来，在职考研的学员如果报考专业硕士双证教育，都可以在顺利毕业后获得硕士学位和研究生学历两本证书；至于攻读同等学力单证教育的学员，一般在顺利结业后主要能获得结业证书，而申硕成功的学员则可以拿到硕士学位证。
区别二、报名条件和入学形式不同
1、报名条件：目前，采用专业硕士这种方式报考在职研双证教育的学员，都要同时满足学历、学位和工作经验两项要求，一般大专生要工作满5年，本科生要有3年工作经验，有硕、博士学位者需要工作2年；而通过同等学力报考单证的人，只要有专科或以上学历即可报名，不过想要申请学位则要具备学士学位且毕业满3年。
2、入学形式：迄今为止，攻读双证教育的学员，都需要顺利通过全国初试和院校复试两项入学考试后，才能入学进修；而报考单证教育的学员只要资质审核成功，就可以进校上课了。