1.摇瓶培养液体菌种 这是液态深层生产灰树花菌丝体工艺中最基本的技术。摇瓶培养的液体菌种数量较少，可供发酵罐接种用，也可直接用于栽培生产，一般适用于扩接固体菌种（主要是栽培种），生产规模不大的菌种厂适宜采用。用摇瓶培养液体菌种，周期短，可连续多次扩大培养（不超过5次），对发菌速度、菌种质量一般无不良影响。
将培养液装入500毫升三角烧瓶内，每瓶装量为100毫升，加入10～15粒小玻璃珠或直径在0.8厘米以下的玻璃碎片，用棉塞和牛皮纸封口，121℃灭菌40分钟，取出冷却至28℃时接种。每瓶接入斜面母种数小块，使气生菌丝一面向上悬浮于液面，在24～26℃恒温下静止培养48小时。当气生菌丝延伸到培养液中时，置往复式摇床上进行振荡培养，振荡频率为80～100次/分，振幅（冲程）6～10厘米；如果用旋转式摇床，偏心距为4厘米，振荡频率为150～220转/分，因旋转速度过快，菌丝球一般较大，且菌丝球表面绒毛状菌丝少，不适于做菌种使用。因此，一般旋转式摇床的偏心距应作适当调整方可使用。摇床室温度控制在24～26℃，培养72～96小时。食用菌种类不同，摇床培养的技术参数也有区别，灰树花一般在25℃，200转/分钟，偏心距4厘米，摇瓶3～4天培养结束，培养液呈黄棕色，清澈透明，有许多菌丝小球，镜检菌丝球直径，要求在1～2毫米内。取样品离心过滤（2500转/分，15分钟），105℃烘干至恒重，称菌丝体干重，达10克/升即可。这样的菌种可再扩接于三角瓶内，每瓶接种菌液10毫升，继续扩大进行摇瓶培养，因菌丝球正处于旺盛生长状态，分散度好，能缩短摇瓶培养时间，快者2天即可终止培养。如果培养液混浊，大多是细菌污染的结果。培养液经显微镜检查合格后，方可用于生产。摇瓶培养的液体菌种，在4℃冰箱中保存20～30天，在15～20℃室温中保存5～7天，对接种成功率、产量均无不良影响。
在生产实践中，也可因陋就简利用大号玻璃瓶制备液态菌种，但要有效果较好的空气过滤装置。
2.菌丝体的三级扩大培养 一级种子罐定容35升，摇瓶种子通过装有阀门的接种管接入，按5%～7%的比例接入摇瓶种子1.5～2升，按发酵工艺培养成熟；一级种子再接入二级种子罐，定容350升，按10%接入一级种子35升，培养成熟。无论哪一级菌种罐，在接种前须先将罐体空罐消毒（135～140℃）1小时，再注入培养液实消。程序是先预热夹层至90℃，10分钟后，放蒸气进入内层升至115℃左右饱压恒温8分钟，不宜过久，以免破坏养分。然后向夹层注灌冷水降温，降至26℃即可接种。接种时，要注意开排气口，关进气口，降压至0.05兆帕。同时抽样镜检并用肉汤培养基检查培养液灭菌情况。0时，取样检查杂菌、0.D值（光密度）、初糖；12、24、36、48小时，各取样检查一次0.D值、残糖、pH。正常培养48小时后，pH降至5.0，0.D值净长0.5左右，糖耗一个单位左右，即可转接容积较大的第三级培养罐。
第三级培养罐容积10吨，一般定容7500升，培养液与消泡剂（聚环氧丙烷甘油醚）同时加入，消泡剂加入量占培养液的0.03%为2.5升。按10%接种量（2个二级种子罐接1个三级罐）接入菌种。先空消罐体（140℃）1小时，再实消（115～118℃）50～60分钟，然后降至25℃接种。前期培养温度25～26℃，后期26～27℃。pH控制在5.5左右，降低时则流加尿素，加量一般为培养液的0.2%。发酵前期通风量1∶05（体积/体积），中期温度上升可加大通风量至1∶1，并防止pH下降过快。接种后，叶轮转速180转/分，培养72小时后，中间每隔12小时取样测糖、氮、pH、杂菌。中途补料可增加菌丝生长速度，缩短发酵时间，增加菌体浓度。补料可分次在20小时、40小时、60小时补入，补入料量视具体情况而定。
注意控制培养时间，过早放罐菌丝体产量低，太迟则菌体老化自溶，三级罐一般培养3～4天即可。放罐标准：pH下降至5，残糖2.5左右，氨态氮不超过30毫克/毫升，菌球浓度达到1000～1500个/毫升，或经3000转/分离心10分钟，每100毫升菌泥湿重在20～25克。
液体菌种发酵要根据菌类生长要求选择不同工艺条件，灰树花一般控温25℃，罐压0.05兆帕，通气量（液体∶气体）1∶0.3～0.5，搅拌200转/分。
检查发酵液质量项目包括：纯度检查，镜检或平板培养无细菌、霉菌检出；活力检查，镜检菌球边缘菌丝分枝细密，用结晶紫染色时着色深，菌丝细胞原生质尚未出现凝集现象和空泡，培养液静止5分钟，菌泥不下沉；80%菌球直径小于1毫米。
培养液经板框压滤或连续离心分离得菌丝体，经烘干可以直接食用或作饮料、食品添加剂；也可提取灰树花胞内多糖，培养液浓缩可得胞外多糖，均可作为制备药物的原料。
含大量菌丝的培养液可代替母种用于原种生产，也可代替原种用于栽培种生产。用液体菌种扩大的菌种，发菌快，活力强，用于栽培定植快、污染率低。在大规模栽培中，菌丝体液可注接已灭过菌的栽培袋，一个5吨发酵罐，3天内便可生产3.5吨液体菌种，按5%的接种量计算，500克干料的栽培袋注入液体菌种25毫升，3.5吨液体菌种可接种70吨培养料，约14万个栽培袋。