新生代，形成与陆内汇聚和走滑作用引起陆壳重熔型中酸性花岗岩浆侵入作用有关的矿产。在四川境内主要有道孚农戈山银多金属矿，青刀铜多金属，色哈拉钨锡矿，道孚菜子坡接触交代－热液型铁铜矿，以及盐源西范坪、木里普尔地、乡城洪措和藏东玉龙地区的与浅成－超浅成同熔型中酸性斑岩有关的斑岩型铜矿。
区内铜、金、铅、锌、银等矿床的形成，大多经历过从矿源层（体）形成→初始富集→活化或叠加改造再富集过程，花岗岩浆活动为其提供部分物源和热源，促成了这些成矿元素活化再富集。
上述表明，区内与花岗岩浆活动有关的成矿作用，受地质构造－岩浆演化阶段和成矿构造环境的控制，故矿床、点的时空分布多在一定构造单元或一定构造部位成群成带产出。
由于构造－岩浆演化阶段、地质构造环境和成矿地质作用有别，形成有不同类型和组合矿产：
1）晚古生代—早中生代俯冲造山阶段，与壳幔源钙碱性花岗岩浆侵入作用有关的矽卡岩型铁、铜及铅锌矿等，主要分布在藏东江达－德钦及川西中咱地区。
2）三叠纪晚期义敦岛弧形成阶段，与中酸性岩浆侵入作用有关的铜金矿，主要出露于义敦岛弧带北段的昌达沟和南段的雪鸡坪地区。
3）侏罗纪—白垩纪与碰撞重熔花岗岩浆作用有关的银、锡、铅、锌矿产，主要沿雀儿山－措莫隆－格聂构造岩浆岩带分布，同期与花岗岩伟晶岩作用有关的锂、铍、铌、钽、钨、锡及水晶矿产主要集中分布在雅江复理石逆冲－滑脱变形带的雅江、道孚、康定及九龙地区。
4）新生代与平移剪切型重熔花岗岩浆侵入有关的铅锌、锡、钨矿，则相对集中地展布于鲜水河断裂带东段的折多山地区；与同期花岗斑岩有关的铜金矿，主要集中产于藏东玉龙地区，次为川西木里－九龙逆冲－滑脱带前缘的盐源西范坪和木里普尔地。
值得指出的是，在川西的丹巴、康定、道孚、雅江、石棉、九龙、冕宁、木里等地，散布有一些大小不等、呈孤立分散状产出的穹窿状变质体。侯立玮、付小方（2002）调查研究时发现，除部分为变质核杂岩、片麻岩穹窿外，主要为构造和花岗岩浆底辟侵位成因。这些穹窿构造成穹机制多样，形成时代和所处构造层次各异。由于成穹过程中局部窿升，致使局部压力降低、温度升高、热流上涌、成矿元素活化和随含矿流体向穹窿体迁移聚集，并于穹窿体顶部和周缘构造破碎带沉淀富集，或对早期形成矿床叠加改造，其中有工业价值的矿产如康定甲基卡、道孚容须卡伟晶岩型稀有金属矿。