1、长相不同
短尾毛丝鼠体型较大，体长30～38cm，尾长10cm左右；长尾毛丝鼠体型较小，体长24～28cm，尾长14～15cm。一般雌鼠体重510～710g，雄鼠体重425～570g。前半身似兔，后半身似鼠，耳大钝圆，尾毛蓬松。
眼睛明亮，鼻端两侧有许多长须。标准毛丝鼠皮毛呈蓝灰色，腹部渐淡至白色，腹中部有分界明显的白色带。
豚鼠是无尾啮齿动物，身体紧凑，短粗，头大颈短，它们具有小的花瓣状耳朵，位于头顶的两侧，具有小三角形嘴。四肢短小，作为选择育种的结果，存在20种不同表型的毛发颜色，并且存在13种不同的表型毛发质地和长度。
2、习性不同
豚鼠喜群居，有抓人的习惯，不喜攀登和跳跃，习性温顺，胆小易惊，有时发出吱吱的尖叫声，喜干燥清洁的生活环境。其活动、休息、采食多呈集体行为，休息时紧挨躺卧，单笼饲养时易发生足底溃疡。群体中有专制型社会行为，1～2只雄鼠处于统治地位，一雄多雌的群体形成明显的稳定性。
毛丝鼠性情温顺，不咬人，喜欢群居，善于跳跃，胆小怕惊扰，习惯于白天安睡，夜间觅食，喜欢在笼中仰卧于柔和的阳光下。平时雌雄个体相处和睦，极少吵架，只有在繁殖配偶季节偶尔发生争斗现象。雌、雄毛丝鼠交配时，发出柔和的像鸽子一样的“咕咕”声。
繁殖方式
毛丝鼠公鼠生殖器官没有明显的季节性变化，常年都有良好的性欲和配种能力。毛丝鼠全年均可繁殖，但交配多在12月至翌年3月，盛夏和秋季（7～10月）配种率较低。母鼠的性周期为28～35天，妊娠期110～124天，每年2～3胎，每胎1～4仔，以2～3仔为多。
产后1天内即发情，可血配，断乳后10天左右再次发情。初生幼仔全身被毛，初生重35g，出生后即能跑动，哺乳期45天左右。第一次发情月龄变化幅度较大，早熟的3月龄，晚熟的9～11月龄；幼龄母鼠通常在4～6月龄性成熟。