首先是容易给环境造成深度污染，而且用常规防治措施难以控制的鸡病，如高致病性禽流感、鸡马立克氏病、鸡新城疫等，则原有种鸡一律扑杀淘汰处理，经彻底消毒后经长时间的净化处理（半年至1年）。
其次是那些可以经胚胎垂直传播给后代的鸡病，如沙门氏菌病、鸡传染性脑脊髓炎、鸡白血病等，凡得过这一类疫病的种鸡群，即使疫情扑灭控制后，原种鸡群也不能留作种用，其中经血清学检测阳性的种鸡，应扑杀淘汰作无害化处理，鸡场应经彻底消毒后，经较长一段时间（如3～6个月）空置净化后再引进苗鸡饲养。
还有传染性法氏囊病、鸡传染性贫血等均可造成免疫抑制，即原得过上述疫病的种鸡可对其他病产生免疫抑制，虽经免疫接种，可能仍隐性感染带毒。因此，对得过免疫抑制性疫病的种鸡也应一律淘汰处理，不能留作种用。鸡场应彻底消毒后，在较长一段时期内（如半年至一年）空置净化后，再引进苗鸡饲养。