有群体学说、合胞体学说、扁囊胚虫学说、共生学说等。(1)群体学说又有下列两个学说：①赫克尔的原肠虫学说：类似于团藻的球形群体，一端内陷形成具有原口和两胚层的原始多细胞动物的祖先。②梅契尼柯夫的吞噬虫学说：多细胞动物的祖先是由一层细胞构成的单细胞群体，后来个别细胞摄取食物后进入群体之内形成内胚层，结果发育成为两胚层的实心的(后来逐渐形成消化腔)多细胞动物。(2)合胞体学说认为：多细胞动物来源于多核纤毛虫的原始类群，即后生动物的祖先开始是合胞体结构，为多核的细胞，后来每个核获得一部分细胞质和细胞膜形成了多细胞结构。(3)扁囊胚虫学说：认为原始的后生动物是两侧对称的有两胚层的扁的动物，即扁囊胚虫；扁囊胚虫通过腹面细胞层的蠕动、爬行、摄食，最后该动物背腹细胞层分开成为中空的，这样逐渐地腹面的营养细胞内陷形成消化腔，同时产生了内外胚层，形成了两胚层动物。(4)共生学说：认为不同种的原生动物共生在一起，发展为多细胞动物。群体学说更易被人接受：因为由球形群体鞭毛虫发展成为多细胞动物符合生物发生律；具有鞭毛的精子普遍存在于后生动物，具有鞭毛的体细胞在低等后生动物也常在，如腔肠动物，这些可作为支持鞭毛虫是后生动物祖先的证据。梅契尼柯夫的吞噬虫，很像腔肠动物的浮浪幼虫，低等后生动物是从这样一种自由游泳浮浪幼虫样的祖先发展而来的。在群体学说中，尽管二者都有胚胎学依据，但在最低等的多细胞动物中，多数是像梅契尼柯夫所说的由内移方法形成原肠胚，而赫克尔的所说的内陷方法很可能是以后才出现的，故梅契尼柯夫的吞噬虫学说更被大多数学者所接受，同时梅契尼柯夫的吞噬虫学说也更符合机能与结构统一的原则。
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