R统计绘图-变量分组相关性网络图(igraph)

Question

如题所述

Answer 1

一、数据准备

获取21个土壤样本的环境因子、细菌和真菌丰度数据，为后续分析和绘图提供基础。

二、确定物种间相关关系

2.1 计算相关性系数

使用psych包的corr.test()函数，计算物种间的相关性系数、显著性检验结果和p值校正。

2.2 确定相关性关系

根据计算结果，识别出显著相关或不相关的物种间关系。

三、设置阈值及构建网络图结构数据

3.1 网络图节点属性整理

构建网络图后，去除重复链接，优化节点属性。

3.2 构建graph网络结构数据

3.3 简单图构建

3.4 计算节点链接数

3.5 保存graph数据

四、绘制分组网络图

1) 节点根据分类属性填充颜色和背景色

2) 节点大小按degree设置

3) 链接线根据正负相关性设置颜色

4) 链接线宽度根据相关系数的绝对值设置

五、绘图前的布局

尝试多种布局算法，如径向布局、fr布局或grid布局，选择最适配数据集的布局方式。

六、绘制分组网络图

根据确定的布局，配置绘图颜色，完成网络图的绘制。

获取数据和代码方式：通过EcoEvoPhylo公众号后台回复“network_group”或访问QQ群文件。

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