林蛙的越冬是养殖林蛙成败的关键环节之一。越冬期管理不好，林蛙成活率低，情况严重的会全部死亡。越冬时，幼蛙、成蛙、亲蛙应分开越冬。若同池越冬，可用拦网将幼蛙、成蛙、亲蛙分开。
林蛙的越冬主要有山涧溪流越冬、室外池塘越冬、大水库网箱越冬、地窖越冬、塑料大棚越冬、室内水池越冬等几种方法。
林蛙越冬可分为4个时期：入水期、散居冬眠期、群居冬眠期和冬眠活动期。
入水期是从林蛙下山后的9月下旬开始，为期半个月左右，多数林蛙都单独分散于浅水区域。当气温降至10℃以下时，林蛙从陆地进入水中，当气温高于10℃时林蛙又重新上岸活动，有的林蛙还会继续取食，呈两栖交替生活方式。林蛙时而进入水中，时而爬上陆地，也是在逐步地适应水中的生活，适应完全靠皮肤进行呼吸的过程。
散居冬眠期从10月中旬到11月中旬，为期1个月左右。林蛙在较浅的流水或池水中，常单独地分散潜伏于溪流里的石块下、树根水草间，夜间在浅水活动，寻找新的、适宜的冬眠场所，但不上岸活动。
当水面封冻以后，林蛙开始聚集到深水区，开始群居冬眠。群居冬眠期从11月中旬到第二年的3月末至4月初结束。林蛙入水冬眠后停止用肺呼吸，完全靠皮肤呼吸。冬眠时林蛙呼吸微弱，体温靠吸收环境热量维持。林蛙进入深度的群居冬眠时，一般成群挤在一起冬眠。一龄幼蛙没有明显的群居冬眠现象。
冬眠活动期是从3月末到4月上旬，10天左右。这时林蛙的冬眠群体开始分开或部分分开，在水中做短距离游动，但并不上岸生活。
当气温和水温升高时，林蛙开始出河上岸在水边活动，气温下降时仍回到水中，当气温上升到10℃以上时，林蛙沿溪流两侧湿润植物带上山。多数林蛙集中在1～2个夜晚上山。幼蛙比成蛙出河晚10～20天，刚出河的幼蛙并不立即上山，有的在水边活动，有的在陆地潜伏，气温稳定后再集中上山。